Wieś duchowna-klasztorna, początkowo w XII wieku stanowiąca własność Jaksy z Miechowa, który według tradycji ufundował w niej w roku 1191 klasztor Norbertanek, nadając mu ją i okoliczne grunta na własność. Do końca dawnej Rzeczypospolitej była to jedna z głównych posiadłości klasztoru zwierzynieckiego. Położona na lewym brzegu Wisły, na stokach wzgórza św. Bronisławy z Salwatorem i w dolinie rzeki Rudawy, gdzie powstały młyny. Z części tej własności klasztor wydzielił i ulokował w 1327 roku wieś Półwsie Zwierzynieckie, inną część, zwaną Błonia, odstąpił miastu Kraków; granice Błoń, serwituty na rzecz norbertanek i wsi Zwierzyniec oraz pobór wody z Rudawy stały się głównymi przedmiotami wielowiekowych sporów sądowych miasta Krakowa ze zwierzynieckimi zakonnicami. Ślady dawnego samorządu Zwierzyńca się nie zachowały, jednak był on ustanowiony – w 1428 roku wzmiankowano tam folwark wójtowski. W zachowanych księgach wójtowie są odnotowywani od początku XVIII wieku. Zwierzyniec był podporządkowany, także w orzecznictwie sądowym, władzom właścicielskim-klasztornym. W wyniku ustaw Sejmu Czteroletniego w 1791 roku został włączony do granic Krakowa, znajdując się w Cyrkule III Garbarskim. Na krótko, bo w 1792 roku,potargowickie ustawy sejmu grodzieńskiego zniosły tę przynależność. W latach 1820–1823 na wzgórzu bł. Bronisławy usypano Kopiec im. Tadeusza Kościuszki, później powstał tam też fort. Ponownie Zwierzyniec znalazł się w granicach Krakowa za czasów Rzeczypospolitej Krakowskiej, od roku 1838, należąc do jego Cyrkułu IV, jednak już w roku 1853 został z granic tych wyłączony. Z tego okresu „przedmiejskiego” zachowały się imiona sołtysów. Od 1867 roku wieś była zorganizowana jako gmina ze swoją radą gminną i zwierzchnym zarządem. W roku 1902 w Zwierzyńcu znajdowało się sto trzydzieści osiem domów mieszkalnych i sześćdziesiąt dziewięć zabudowań gospodarczych oraz fabryka octu i musztardy oraz cegielnia. Zamieszkiwało tam ponad trzy tysiące osób. Ostatecznie Zwierzyniec (wraz z obszarem dworskim należącym do zakonu norbertanek) stał się w roku 1910 częścią miasta, w ramach tworzenia Wielkiego Krakowa, wchodząc do administracyjnego obwodu IV i stając się XIII dzielnicą katastralną.
