Odtworzenie strukturalno-funkcjonalnych oraz personalnych rozwiązań w podgórskich władzach miejskich tego okresu napotyka na zasadnicze trudności wynikające z braku zachowanych dokumentów o charakterze „politycznym” i administracyjnym dla Podgórza (pierwsze bardziej zwarte akta dotyczą Wydziału Miejskiego – namiastki rady miejskiej – działającego od roku 1843). O ile przewodnikiem są tu rozwiązania normatywne wprowadzane dla Galicji i co rusz zmieniane, o tyle obraz ich przełożenia na warunki Podgórza często można odnaleźć tylko w formie szczątkowych refleksów w innych, obcych Podgórzu zespołach archiwalnych. Dotyczy to także – najważniejszego w mieście – urzędu burmistrzowskiego. Już samo skonstruowanie niebudzącej wątpliwości listy pierwszych burmistrzów Podgórza z zakreśleniem kadencji ich urzędowania nastręczało trudności przełamywane żmudnymi kwerendami – literatura, przemilczająca te początki ustrojowe Podgórza lub operująca błędnymi założeniami (przykładowo wspomniane wcześniej uznanie wójta Tomasza Okońskiego jako pierwszej głowy nowego miasta) nie była tu pomocna.
Powstanie Podgórza zbiegło się w czasie z wydaniem w 1784 roku cesarskiego patentu, w którym dokonując kategoryzacji miast galicyjskich, wprowadzono ich nową organizację, zmierzającą do poluźnienia scentralizowanego i zbiurokratyzowanego dotychczas modelu systemowego. W składzie władz miejskich przewidziano urzędy (odpłatne) i funkcje (nieodpłatne): burmistrza, syndyka i asesorów. Wprowadzono obowiązkowe egzaminy konkursowe dla kandydatów – na urząd burmistrza egzamin dla służby politycznej, na syndyka i asesora dla służby sądowej, kasjer i kontroler zaś musieli wykazać się egzaminami z rachunkowości; asesorowie honorowi pracujący bezpłatnie egzaminom nie podlegali. Ten zespół urzędniczy stanowił magistrat miasta. W roku 1792 ustanowiono obok magistratów wydziały miejskie pochodzące z wyborów dokonywanych przez właścicieli nieruchomości i majstrów; do wydziałów należała kontrola i zatwierdzanie budżetów miejskich, a z czasem utarło się, że asesorowie pełniący przy burmistrzu władzę administracyjno- zarządzającą rekrutowali się z grona delegatów wybranych do wydziałów.
Wcześniej przywołano zapis cesarskiego uniwersału z 1784 roku nadającego Podgórzu prawa miejskie oraz przyznającego bierne i czynne prawa wyborcze do magistratu podgórskiego. Kolejny uniwersał, z roku 1785 roku, rozwijał te postanowienia: Przyznajemy mieszczanom tegoż naszego królewskiego miasta na równi ze wszystkimi innymi miastami królewskimi wolność wyboru w odniesieniu do członków Magistratu wedle tegoż porządku, jaki zostanie im w tym względzie przepisany. Takoż chcemy i zarządzamy niniejszym również najłaskawiej, by wyznawcy wszystkich tamże tolerowanych religii bez
Odciski w laku dwóch najstarszych z zachowanych pieczęci związanych z Podgórzem: z lewej strony odcisk pieczęci sądu kazimierskiego dla Podgórza, pochodzący z 1787 roku; pieczęć ta używana była już wiele lat wcześniej w sprawach dotyczących tamtejszej ludności podległej jurysdykcji Kazimierza z tytułu zamieszkiwania na obszarze stanowiącym własność tego miasta, używano jej do sprzedaży przez Kazimierz tych terenów Austriakom, to jest do 1788 roku. Z prawej strony pochodzący z 1783 roku odcisk pieczęci policyjno-sądowej Podgórza, używanej w okresie organizacji miasta, co najmniej do 1785 roku. W otoku napis: PODGORZER POLICEY GERICHTS SIEGEL (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. P 1 s. 1, 157)
różnicy, uzyskawszy prawo obywatelskie, i o ile są oni praworządni i mają inne konieczne cechy, mogli korzystać z wolności wyboru, i by zarówno oddawali swój głos w wyborach na urzędy oraz godności w Magistracie, jak również by sami mogli być do niego wybierani. Zapis tego przywileju należy rozumieć jako zapowiedź reprezentacji miejskiej wprowadzonej kilka lat później w postaci wspomnianych wyżej wydziałów miejskich. Nie dotyczył on natomiast urzędów i funkcji administracyjnych z burmistrzowskim na czele – te podlegały mianowaniu. Co więcej, już w 1794 roku wprowadzono dożywotność sprawowania urzędów burmistrza, syndyka i asesorów, jednak z zasadą zatwierdzania ich na stanowisku co cztery lata; wakujące urzędy obsadzano w drodze nominacji po przeprowadzeniu konkursu.
Władze miasta Podgórza w pierwszych latach funkcjonowania magistratu umocowane zostały w składzie: burmistrz miasta Franciszek Buchmiller (nr 1), zastąpiony w roku 1787 przez Ernsta Canitza (nr 2); syndyk Karol Goriupp (nr 3),wyniesiony w roku 1801 na urząd burmistrza (wcześniej pełnił obowiązki na tym urzędzie), etat syndyka osadzono po nim Franciszkiem Petrizkim; I radca-asesor i jednocześnie kasjer miejski Jan Beniamin Elsner (nr 4), który z kolei w latach 1796–1799 będzie pełnił urząd burmistrzowski; II radca-asesor i zarazem kontroler kasowy Michał Kaltenstein, zastąpiony w 1797 roku przez Michała Jachimskiego; III radca-asesor o nieustalonych personaliach, od 1797 roku na etacie tym Jan Mogilański, szybko zastąpiony przez Marcusa Puntnera; kancelista Łukasz Kretschmer, wzmocniony od 1797 roku aktuariuszem Franzem Heinrichem; chirurg miejski Antoni Janelli.
W dodatku do numeru pięćdziesiątego pierwszego wydania „Gazety Krakowskiej” z 26 czerwca 1805 roku zamieszczono ogłoszenie: Ponieważ dla powtornego osadzenia Burmistrza w mieście Podgurzu [sic!] z pensyą roczną 500 zł. ryń. wypisuje się konkurs na mocy wysokiego Gubernatorstwa dekretu […] z tym dokładem, aby życzący sobie zaopatrzyli
Oryginalne podgórskie urzędowe tłoki pieczętne miasta i magistratu (widok w lustrzanym odbiciu) – pierwszy, z napisem w otoku: STADTKASSA DER K. FREYSTADT PODGORZE – KASA MIEJSKA KRÓLEWSKIEGO WOLNEGO MIASTA PODGÓRZA, używany był w okresie przedautonomicznym, pozostałe trzy, z legendą w języku polskim, obowiązywały po roku 1867. Nie zachowały się tłoki pieczętne z napisami w języku łacińskim – por. odciski na kolejnej ilustracji (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. T 184, T 192, T 180, T 294)
prośby swe dekretami tak z linii polityczney jako też i sądowey oraz z zaświadczeniami moralności, zdatności i wiadomości praw kryminalnych i cięszkich [sic!] policyjnych przestępstw i takowe zaopatrzone prośby naydaley do 15 lipca t.r. urzędowi cyrkularnemu Bocheńskiemu podali. Konkurs ten wygrał prawnik Maciej Wojewódzki (nr 5).
W roku 1805 nastąpiło wzmocnienie centralizacji i biurokratyzacji całej struktury administracyjnej, także w miastach. Całość władz pochodziła z nominacji dokonywanych dla miast na szczeblu urzędów cyrkularnych – z wyłączeniem urzędu burmistrzowskiego pozostającego w gestii gubernialnej. Do magistratów należała administracja, policja miejscowa i sądownictwo oraz zarządzanie majątkiem miejskim, ale przy silnej kontroli władz zwierzchnich. W roku 1807 wprowadzono zasadę zatwierdzania przez władze cyrkularne budżetów miejskich, zamknięć rachunkowych i inwentarzy majątkowych – magistraty stawały się coraz bardziej organami administracji państwowej, pozbawionymi pierwiastka samorządności.
Lata 1809–1815 przyniosły, jak już wskazywano, przerwanie samodzielności magistratu Podgórza – miasto zostało wcielone w granice Krakowa i w ramach Księstwa Warszawskiego pozostawało pod rządami polskimi do roku 1813, a następnie – w stanie wojennego zamieszania znaczonego ciągłymi przemarszami wojsk – pod władzą wojskową rosyjską. W roku 1815 Podgórze ponownie, jako samodzielne
Odcisk w laku pieczęci miasta Podgórza z dokumentu wystawionego w 1823 roku oraz podobna, choć nie identyczna w rysunku, pieczęć w postaci opłatkowej („suchej”) z dokumentu wystawionego w 1915 roku – w otokach obu pieczęci jednolicie brzmiący napis zgodny z wzorem z dokumentu cesarskiego nadającego miastu w 1808 roku nowy herb (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. T.Schn. 1253, s. 237; Dok. Pap. 34, s. 9)
miasto, powróciło pod berło austriackie. Magistrat funkcjonował do roku 1818 w formule tymczasowej, bez burmistrza, z mianowanymi urzędnikami całkowicie podporządkowanymi starostwu cyrkularnemu – był to okres prowizorycznych rządów wojskowych wprowadzonych w tej części Galicji.
Dalsze lata to kontynuacja linii centralistyczno- biurokratycznej, czego wyrazem w Podgórzu było obsadzanie urzędu burmistrzowskiego i pozostałych etatów magistrackich wyspecjalizowaną kadrą urzędniczą, osadzoną w scentralizowanej strukturze administracyjnej. Kryzysowe okazały się lata 1847–1855, gdy urząd burmistrza podgórskiego przestał być obsadzany. Co więcej, zaniechano nawet formalnego wyznaczenia urzędnika pełniącego obowiązki burmistrza. Stan ten był związany z sytuacją polityczną w monarchii i przygotowywanymi zmianami ustrojowymi – w wyniku Wiosny Ludów opracowano szereg liberalnych ustaw, z których jednak wycofano się; najważniejsza dla miasta ustawa gminna przyjęta w 1849 roku na terenie Galicji nie została zastosowana. W ramach działającego w tym okresie magistratu miasta PodOdcisk górza najwyższą rangę w hierarchii urzędniczej zajmował syndyk miejski – urząd ten wówczas pełnili: w latach 1847–1850 Anton Seeman (zawodowy urzędnik austriacki, przed przeniesieniem do Podgórza pełnił urząd asesora w Przemyślu), w latach 1850–1854 Karl Nechay (zawodowy urzędnik austriacki, przed przeniesieniem do Podgórza syndyk w Samborze) i w roku 1855 Karl Alker (zawodowy urzędnik austriacki, przed przeniesieniem do Podgórza syndyk w Oświęcimiu).
Zwiastunem nowych czasów stały się dopiero lata otwarte objęciem w 1855 roku urzędu burmistrzowskiego przez Józefa Chrystiana Zolla (nr 10) – obywatela Podgórza, reprezentującego niezbiurokratyzowany profesjonalizm, pierwszego burmistrza po długiej przerwie na tym urzędzie i ostatniego okresu przedautonomicznego. Ustabilizowanym strukturom magistratu przyszło działać już w warunkach braku „ręcznego sterowania” ze strony instancji powiatowej – zresztą w tym czasie właśnie na szczeblu powiatowym poszukiwano nowych rozwiązań strukturalnych i funkcjonalnych. Nadchodziła zmiana epok ustrojowych.
Pod koniec tego absolutystycznego okresu, od połowy lat pięćdziesiątych XIX wieku działała już rozbudowana w stosunku do pierwotnej struktura magistratu i służb miejskich – składała się z burmistrza, syndyka miejskiego, I radcy będącego kasjerem miejskim, II radcy będącego kontrolerem kasowym, sekretarza miasta, protokolisty, I kancelisty, II kancelisty, rewizora policji, nauczyciela miejskiego, pomocnika szkolnego, woźnego sądowego, chirurga miejskiego, akuszerki miejskiej, kaprala policji, kilku policjantów, kilku stróżów nocnych z lampami, stróża kancelaryjnego, sługi urzędowego, dozorcy – niewątpliwie było ich więcej, żeby wspomnieć poborców podatkowych, służby ochrony przeciwpożarowej, aresztu miejskiego, utrzymania konnego transportu miejskiego itd.
Magistrat musiał mieć ratusz. Już cesarz Józef II w akcie z 1784 roku przyrzekł na koszt państwa dom do czynności magistratualnych wygotować. Tak też się stało, zaadaptowano na potrzeby ratusza dom mieszkalny położony przy rynku (obecnie nr 13 – dom „Pod Czarnym Orłem”). Przetrwał on w tej funkcji przez prawie sześćdziesiąt lat, aż przed 1844 rokiem, gdy nadawano rynkowi podgórskiemu obecny już kształt, wytyczono w pierzei wschodniej narożną parcelę pod przyszły ratusz. Nową siedzibę władz miejskich wznoszono długo, do roku 1855. Jednopiętrowy ratusz przetrwał do lat dziewięćdziesiątych XIX wieku, kiedy to budynek ten przebudowano, nadając mu kształt dwupiętrowego, reprezentacyjnego obiektu.