Przekształcenie w 1867 roku cesarstwa austriackiego w monarchię austro-węgierską nie miało już dla Krakowa zasadniczego znaczenia ustrojowego. Miasto działało w ramach wprowadzonej w latach 1860—1866 w Galicji autonomii, oznaczającej między innymi funkcjonowanie wybieralnych, przedstawicielskich instytucji samorządowych.
Na szczeblu krajowym podstawową regulacją stał się ogłoszony „Patentem lutowym” z 1861 roku„Statut krajowy Królestwa Galicji i Lodomerii Z Wielkim Księstwem Krakowskim”. Na jego mocy wprowadzono reprezentację w sprawach krajowych wykonywaną przez Sejm Krajowy z siedzibą we Lwowie. Sejm działał pod przewodnictwem Marszałka Krajowego i jego zastępcy, mianowanych przez cesarza. Oni też stali na czele Wydziału Krajowego, który był organem wykonawczym i zarządzającym Sejmu. Administrację rządową reprezentował na szczeblu krajowym Namiestnik stający na czele Namiestnictwa, podległy bezpośrednio utworzonemu w 1871 roku urzędowi ministra dla Galicji, który wchodził w skład austriackiej Rady Ministrów.
Na szczeblu powiatowym (powiaty zastąpiły dawne cyrkuły i okręgi) obowiązywała ustawa Z sierpnia 1866 roku o reprezentacji powiatowej i o ordynacji wyborczej powiatowej, wprowadzająca rady powiatowe i wykonawczo-zarządzające wydziały powiatowe z marszałkami powiatowymi na czele. Lwów i Kraków wyłączone zostały spod związków powiatowych, a zatem i udziału w tych reprezentacjach (status „miasta wydzielonego z powiatu”). Na tym szczeblu administrację rządową sprawowali starostowie z kierowanymi przez siebie starostwami, podporządkowani Namiestnikowi.
Z kolei na najniższym szczeblu podziału terytorialnego reprezentację regulowała ustawa z sierpnia 1866 roku o urządzeniu gmin i ordynacji wyborczej dla gmin, wprowadzająca w gminach wiejskich rady gminne oraz wykonawczo-zarządzające zwierzchności gminne z naczelnikami gmin (wójtami) na czele, natomiast w miastach rady miejskie oraz wykonawczo-zarządzające magistraty z burmistrzami (prezydentami) na czele. Na tym szczeblu nie funkcjonowała wyodrębniona administracja rządowa ogólna, administrację spraw niepowierzonych samorządom oraz nadzór nad samorządami wypełniali starostowie ze swoimi starostwami.
Spod tej ostatniej regulacji wyłączone jednak zostały dwa największe miasta: Lwów, będący stolicą Galicji, oraz Kraków. Miastom tym nadano odrębne statuty, bezpośrednio podporządkowując je władzy krajowej - Namiestnikowi. Ustrój Krakowa wprowadzony wówczas przetrwał z niewielkimi zmianami aż do upadku monarchii w 1918 roku. I tak:
-20 lutego 1866 roku Sejm Krajowy przyjął „Tymczasowy statut gminy dla miasta Krakowa", zatwierdzony przez cesarza Franciszka Józefa I. Zgodnie z jego postanowieniami przywrócono tradycyjną nazwę „stołeczne królewskie miasto Kraków”, jego herb i biało-błękitną chorągiew oraz język polski jako urzędowy. Gminę miasta Krakowa stanowili wszyscy stali mieszkańcy miasta; mieli oni wybierać władze samorządowe gminy-miasta. Władze te stanowiła Rada Miejska, prezydent oraz Magistrat.
Rada Miejska złożona z 60 radców (czyli rajców-radnych) miała pozycję zwierzchnią, uchwałodawczą. Pochodziła z wyborów przeprowadzanych w 3 kołach: inteligencji, właścicieli domów oraz przemysłowo-handlowym. Czynne prawo wyborcze uzależnione zatem było od cenzusu majątkowego i wykształcenia. Rada wybierana była na 6 lat, jednak w połowie kadencji odnawiano połowę jej składu - wybory odbywały się zatem co 3 lata. Do Rady Miejskiej należało w szczególności ustalanie ogólnych zasad zarządu miastem, uchwalanie budżetu, kontrola nad gospodarką instytucji miejskich. Rada miała zbierać się raz w miesiącu na zwyczajne posiedzenia publiczne, pomiędzy posiedzeniami działając poprzez sekcje.
Prezydent miasta usytuowany został jako organ „zawiadujący i wykonujący” gminy, który przewodniczy obradom Rady i wprowadza w życie jej uchwały. Prezydenta i jego zastępcę (pierwszego wiceprezydenta) wybierała rada ze swojego grona na 6 lat, przy czym wybór prezydenta podlegał zatwierdzeniu ze strony monarchy.
Organem wykonawczym gminy działającym pod kontrolą Rady był Magistrat. W jego skład wchodzili: prezydent, drugi wiceprezydent, radcy magistratualni i urzędnicy pomocniczy, pochodzący, oprócz prezydenta, z mianowania Rady. Magistrat dzielił się na wydziały (departamenty) wyodrębnione branżowo. Realizował zadania własne samorządu gminy i w tym zakresie był organem wykonawczym Rady, natomiast w zakresie zadań poruczonych przez administrację państwową działał jako organ administracyjny I instancji.
Pierwsze wybory do Rady Miejskiej pod rządami Statutu przeprowadzono 1 sierpnia 1866 roku, nowa rada rozpoczęła działalność 16 sierpnia tegoż roku, natomiast 13 września dokonała wyboru pierwszego prezydenta miasta ery autonomicznej — został nim Józef Dietl. Wraz ze swoimi następcami: Mikołajem Zyblikiewiczem, Ferdynandem Weiglem i Feliksem Szlachtowskim tradycyjnie uznawani są za „ojców założycieli” krakowskiego samorządu, którego sens i zręby ustrojowe - przy wszystkich różnicach - aktualne są do dzisiaj.
-W roku 1867 zatwierdzono podział miasta na 8 dzielnic katastralnych: I-Miasto (Śródmieście), Il-Zamek (Wawel), III-Nowy Świat, IV-Piasek, V-Kleparz, VI-Wesoła, VII-Stradom, VIII-Kazimierz. Utrzymano wcześniejszy podział miasta na 3 obwody jako jednostki pomocnicze w administrowaniu, z komisarzami obwodowymi mającymi do pomocy komisariaty obwodowe — z podległością Magistratowi.
-6 października 1901 roku ustawą cesarską nadano statut miejski królewskiemu stołecznemu miastu Krakowowi - po wieloletnim obowiązywaniu statutu tymczasowego. W zasadzie był on powtórzeniem aktu poprzedniego. Zmiany dotyczyły głównie Rady Miejskiej. Zwiększono jej skład do 72 radców, przy ich wyborach obniżono cenzus majątkowy, a koło wyborcze trzecie, przemysłowo- handlowe, podzielono na 3 oddziały: przedsiębiorców płacących wysokie podatki, rzemieślników posiadających własny zakład oraz innych. Statut ten z późniejszymi zmianami dotyczącymi głównie ilości radców w Radzie, przetrwał jako obowiązujący do okresu międzywojennego.
-Opierając się na planach przygotowywanych od 1902 roku, a przyjętych przez Radę Miejską w 1907 roku, w latach 1909-1912 realizowano projekt prezydenta Juliusza Franciszka Lea utworzenia Wielkiego Krakowa (na podstawie ustawy cesarskiej z 13 listopada 1909 roku o Wielkim Krakowie — „w przedmiocie przyłączenia kilkunastu gmin i obszarów dworskich do miasta Krakowa, wyłączenia tychże gmin i obszarów dworskich z okręgów Rad powiatowych Krakowskiej i Wielickiej... etc.”). Po dokonanych przyłączeniach w nowych granicach miasta wydzielono kolejne dzielnice katastralne: IX-Ludwinów, X-Zakrzówek, XI-Dębniki, XII-Półwsie, XIII-Zwierzyniec, XIV-Czarna Wieś, XV-Nowa Wieś, XVI- Łobzów, XVII-Krowodrza, XVIII-Warszawskie, XIX-Grzegórzki, XX-Dąbie, XXI-Płaszów. Z kolei dla celów administracyjnych powiększono liczbę obwodów pomocniczych z 3 do 4, ustanawiając kolejnego komisarza obwodowego i komisariat obwodowy oraz 5 jego zastępców, usytuowanych w 5 filiach komisariatu obwodowego.
Nowo przyłączone obszary uzyskiwały swoją reprezentację w Radzie Miejskiej, której skład w związku z tym stopniowo zwiększał się: w roku 1909 do 83 radców, w roku 1910 do 85 radców, a w roku 1911 do 87 radców.
-Ukoronowaniem tworzenia Wielkiego Krakowa było połączenie Krakowa z dotychczas samodzielnym miastem Podgórzem, co nastąpiło już w czasie wojny, w lipcu 1915 roku. Przez 5 następnych lat w Podgórzu funkcjonował jeszcze tamtejszy Magistrat, mając status filii krakowskiego Magistratu. Jednocześnie w 1915 roku utworzono kolejny, piąty już obwód, obejmujący Płaszów i Podgórze, ustanawiając tam komisarza obwodowego z komisariatem i dwoma filiami, odpowiednio w Płaszowie i Podgórzu.
Dla przyjęcia reprezentacji Podgórza zwiększono w 1915 roku skład Rady Miejskiej do 103 radców oraz podniesiono liczbę wiceprezydentów do 3, co dało miejsce dla podgórzanina - zajął je Karol Rolle, drugi zastępca burmistrza Podgórza, późniejszy prezydent Krakowa.
-W trakcie działań wojennych w listopadzie 1914 roku komenda wojskowa twierdzy ogłosiła ewakuację „krakowskiego okręgu fortecznego”. Z miasta wyjechali do Wiednia prezydent Leo, wiceprezydenci i większość radców. Prezydent Leo był jednocześnie przewodniczącym Naczelnego Komitetu Narodowego będącego reprezentacją polskich stronnictw z Galicji i jego ewakuacja związana była także z pełnieniem tej funkcji. W sytuacji zdekompletowania władz miejskich, decyzją władz krajowych 9 listopada 1914 roku rozwiązano Radę Miejską, ustanawiając jednocześnie komisarza rządowego w osobie Juliana Ignacego Nowaka, późniejszego premiera Rzeczypospolitej Polskiej. Prezydent Leo złożył wówczas dymisję z przewodzenia Naczelnemu Komitetowi Narodowemu, powrócił do Krakowa i 22 listopada ponownie przejął rządy w mieście. Jednak Rada Miejska została reaktywowana dopiero 20 lipca 1916 roku. Wojna trwała, monarchia austro-węgierska chwiała się w posadach - kolejny raz klęska Austrii oznaczała dla Krakowa nadejście dobrych dni.
Tak oto dobiegła kresu epoka większej lub mniejszej zależności Krakowa od państw zaborczych, epoka rozbiorowa. Trwała ona w latach 1796-1809 i 1846-1918, razem 85 lat, z czego pół wieku przypadało na ustrój autonomiczny, dający mieszkańcom Krakowa stosunkowo najwięcej praw ze wszystkich trzech zaborów, 31 października 1918 roku krakowianie wywiesili w Rynku Głównym, na symbolizującym władzę cywilną i wojskową Ratuszu z odwachem, polskie chorągwie.
