Najogólniej rzecz ujmując, od szwedzkiego potopu w skali całej Rzeczypospolitej, w wymiarze krakowskiego zespołu osadniczego i w samym Kleparzu źle się działo. Coraz bardziej niekorzystna sytuacja geopolityczna, przetaczające się wojny i przemarsze wojsk, permanentny kryzys gospodarczy, niemoc władzy centralnej i bezhołowie elit rządzących, w końcu anachroniczność samego systemu państwowego w dobie upowszechniania się nowych, europejskich myśli ideologicznych i modeli polityczno-ustrojowych – wszystko to prowadziło ku upadkowi. Był to schyłek I Rzeczypospolitej, a w tym ogólnym kontekście – także i kleparskiej miejskości.
Pierwszy rozbiór Polski w 1772 roku okazał się dobitnym początkiem końca. Podjęte próby zreformowania państwa (między innymi działalność komisji dobrego porządku), zwieńczone dziełami Sejmu Czteroletniego, nie oparły się politycznej i militarnej sile państw ościennych. Kolejne rozbiory, w latach 1793 i 1795, ostatecznie przypieczętowały los I Rzeczypospolitej – dla ziem polskich nastała epoka zaborów, a Kraków i jego aglomeracja miejska znalazły się w ramach cesarstwa austriackiego i w jego reżimie ustrojowym.
Paradoksalnie Kleparz utracił swoją miejską podmiotowość nie w wyniku kryzysu czy szerzej, upadku polskiej państwowości, lecz w ramach i w związku z próbą ratowania tej państwowości poprzez ważkie reformy podjęte na Sejmie Czteroletnim.
Na stronach 57–58: Kleparskie „życie po życiu” – strony ze spisu domów sporządzonego w 1792 roku, zaraz po przyłączeniu miasta do granic Krakowa, jako jego IV cyrkułu-dzielnicy; swoisty protokół zamknięcia czasów samodzielności miejskiej i otwarcia podmiotowości dzielnicowej w ramach miasta Krakowa (Biblioteka Naukowa PAU/PAN w Krakowie, sygn. rkps 39, s. 141, 142v)
W 1791 roku w ramach jego prac 18 kwietnia uchwalona została ustawa Miasta nasze królewskie wolne w państwach Rzeczypospolitej, włączona następnie w całości do tekstu Konstytucji 3 maja, oraz 27 czerwca ustawa Urządzenie wewnętrzne miast wolnych Rzeczypospolitej. Reforma miast szła w kierunku ich zdecydowanego wzmocnienia, nie tylko przez zmiany strukturalno-funkcjonalne w ich organizacji i zarządzaniu, lecz także poprzez likwidację otaczających największe miasta jednostek satelitarnych i otwarcie rozwojowe tych miast na tereny okalające. Mocą tych aktów w skład Krakowa weszły jurydyki świeckie i duchowne, tudzież drobne miasteczka w obrębie lokalnych gruntów początkowo miastu nadanych. Tym samym Kleparz utracił swoją miejską odrębność i włączony został do miasta Krakowa, stając się wraz z sąsiednimi jurydykami IV cyrkułem w ramach wewnętrznego podziału administracyjnego Krakowa; nazwa „Kleparz” stała się nazwą tego cyrkułu. Na jego czele stanął burmistrz, termin ten jednak opisuje już tylko urzędnika na kierowniczym stanowisku, podległego prezydentowi miasta Krakowa, i nie ma nic wspólnego, poza brzmieniem, z terminem „burmistrz miasta”.
O ile Kazimierz, znajdujący się w tej samej co Kleparz sytuacji, bardziej energicznie, nawet z pewną determinacją, walczył o zachowanie swojej miejskości, o tyle przejawy takiej szczególnej energii w przypadku Kleparza się nie zachowały. Znana jest instrukcja wydana 1 sierpnia 1791 roku przez zgromadzenie mieszkańców Kleparza swoim deputowanym do prezentowania stanowiska miasta wobec przeprowadzanych reform – byli nimi ówczesny podwójci Szymon Bielewicz (nr 205) i rajca Piotr Molęcki (nr 202). Było to już po uchwaleniu wspomnianych ustaw, prawdopodobnie w okresie, w którym ważyło się zakwalifikowanie między innymi Kleparza do kategorii wymienionych w tych aktach „drobnych miasteczek” objętych programem przyłączeń. W instrukcji tej deputowani zostali zobowiązani do złożenia podziękowania królowi i marszałkom za przywrócenie Wolności Miastom Wolnym, przekazania w imieniu kleparzan prośby o dalszą „ojcowską protekcję” oraz przedstawienia postulatu, aby Jurysdykcyje pobliskie jako to Biskupie z Miastem Kleparzem stykające się […] jako też Pędzichów y Błonie, za Miastem Kleparzem leżące, niemniey Wesoła […] na zawsze do Miasta Kleparza inkorporowane zostały. Rozmijało się to więc z całym kontekstem czasowo-sytuacyjnym, nie mogło przynieść – i nie przyniosło – zamierzonych skutków (o ile nie chodziło tylko o końcowe zamanifestowanie zdania kleparskiej społeczności, przy pełnej świadomości nieuchronności włączenia do Krakowa kosztem własnej samodzielności).
W kwietniu 1792 roku odbyło się zebranie posesjonatów cyrkułu kleparskiego celem wyboru władz „dzielnicowych” – burmistrzem cyrkularnym został dawny rajca i burmistrz Kleparza Onufry Zamoyski (nr 197).
Już we wrześniu tegoż roku zwycięska konfederacja targowicka swymi postanowieniami anulowała uchwały Sejmu Czteroletniego, co oznaczało powrót Kleparza do samodzielności miejskiej; od 12 września w Krakowie działały przywrócone dawne władze sprzed konstytucji majowej, tym samym reaktywowały się i podjęły działanie dawne władze miasta Kleparza.
Z kolei listopad 1793 roku przyniósł uchwaloną przez sejm grodzieński (ostatni sejm dawnej Rzeczypospolitej) konstytucję Miasta wolne Rzeczypospolitej, na mocy której Kleparz ponownie został włączony do Krakowa jako jeden z wydziałów miasta (nowa nazwa dla dawnych cyrkułów) – Wydział II Kleparski.
Na początku marca 1794 roku konstytuowały się nowe władze miejskie Krakowa, natomiast prawdopodobnie nie zdążono wyłonić władz wydziałowych, nadszedł bowiem czas insurekcji kościuszkowskiej. Niebawem, bo już 4 kwietnia, rozkazem Naczelnika przywrócony został stan prawny ustanowiony ustawami Sejmu Czteroletniego, co oznaczało potwierdzenie przynależności Kleparza do miasta Krakowa. Z początkiem lipca na urzędzie burmistrza Wydziału II Kleparskiego został odnotowany wspomniany już wcześniej Szczepan Lubowiecki, burmistrz wydziałowy kleparski, sprawujący tę funkcję przez kilkanaście następnych lat.
W roku 1800, po upadku insurekcji, dwuletniej okupacji pruskiej i włączeniu Krakowa do cesarstwa austriackiego w wyniku III rozbioru Polski, wiedeńska Kancelaria Nadworna Galicyjska wydała dekret potwierdzający obszar miasta Krakowa z Kleparzem w jego granicach. Kleparz wraz z Wesołą stanowił teraz II obwód miejski (nowa nazwa dla dawnych wydziałów).
Można zatem stwierdzić, że formalnie miasto Kleparz zostało włączone do Krakowa po raz pierwszy w 1791 roku z mocą od 1792 roku, następnie w roku 1793 z potwierdzeniem tej przynależności w 1794 roku. Za faktyczne przyłączenie do Krakowa i rozpoczęcie funkcjonowania Kleparza jako dzielnicy uznać należy połowę 1794 roku, natomiast stan ten został potwierdzony przez władze zaborcze w roku 1800 z mocą od roku 1801.
O ile dawna miejskość Kazimierza tak czy inaczej w powszechnej świadomości przetrwała, tak wydaje się, że kojarzenie Kleparza z dawnym miastem przepadło. Miasto to żyło własnym życiem przy murach Krakowa przez ponad cztery i pół wieku, później jego substancja i symbolika trwała w ramach zmieniającej się struktury dzielnicowej Krakowa, następnie i to zniknęło. Ostatnia dzielnica przywołująca w swej nazwie pamięć dawnego miasta istniała w latach 1954 –1973: dzielnica III Kleparz (w ramach podziału miasta na sześć dzielnic). Dzisiaj tradycja nazwy dawnego miasta zachowała się już jedynie w nazwie rynek kleparski i w określeniu placu targowego „od zawsze” tam usytuowanego – Stary Kleparz.
Zarysom ustrojowym miast Kleparza, Kazimierza ze Stradomiem i miastem żydowskim oraz Podgórza towarzyszą kalendaria. Przy ich sporządzaniu wykorzystano następujące pozycje: Kronika, Encyklopedia, Frančić 2000, oraz dane z literatury przywołanej pod tymi zarysami ustrojowymi.
