Urodzony w 1765 roku, pochodził prawdopodobnie z drobnej szlachty podlaskiej wywodzącej się z gniazda rodowego Jabłoń-Zarzeckie (Zarzecki Jabłoń). Po formalnym przyłączeniu Krakowa do Księstwa Warszawskiego 14 stycznia 1810 roku i przejściowym okresie kształtowania nowych władz miasta (organizowanych pod kierunkiem prefektów Henryka Lubomirskiego, następnie Stanisława Wodzickiego – nr 647) 1 grudnia tegoż roku otrzymał od Fryderyka Augusta I, króla saskiego i księcia warszawskiego, nominację na urząd prezydenta municypalnego, który objął go 30 grudnia. Do pomocy przydzieleni mu zostali trzej ławnicy, również pochodzący z nominacji, wśród nich wieloletni wiceprezydent miasta Walenty Bartsch (nr 635) jako pierwszy ławnik. Stanisław Kostka Zarzecki szczególnie zaangażował się w tworzenie obywatelskiej Gwardii Narodowej (plac ćwiczebny utworzono na miejscu wyburzonego kościoła św. Szczepana i nazwano go placem Gwardii Narodowej – dziś pl. Szczepański). Urząd prezydenta pełnił w okresie okupowania miasta przez wojska rosyjskie w latach 1813–1815, jak też z początkiem formalnie ogłoszonej 18 października 1815 roku Rzeczypospolitej Krakowskiej. 2 listopada tego roku uzyskał nominację do nowego organu wykonawczego administracji miejskiej – Senatu Rządzącego Rzeczypospolitej Krakowskiej, który zainstalował się 20 listopada roku – i tym samym zakończył prezydenturę. Z Senatu szybko awansował, stając się rezydentem rosyjskiego dworu opiekuńczego – cara Aleksandra I, następnie konsulem generalnym cara Rosji. Nastawiony prorosyjsko, w 1835 roku usilnie, lecz bezskutecznie starał się o wystąpienie Krakowian w sprawie przyjęcia do Królestwa Kongresowego. Był kawalerem rosyjskiego Orderu św. Włodzimierza III klasy i polskiego Orderu św. Stanisława II klasy. Zmarł 12 października 1853 roku w wieku 88 lat, pochowano go w katakumbach cmentarza Powązkowskiego w Warszawie.
