Trwająca sto trzydzieści jeden lat (z małą przerwą) samodzielność miejska Podgórza, zamknięta latami 1784–1915, przypadła na okres zaboru ziem polskich, na których miasto powstało i trwało. Podgórze uzyskało prawa miejskie dwanaście lat po I rozbiorze Polski, utraciło je trzy lata przed odzyskaniem przez nią niepodległości.
Miasto istniało więc i funkcjonowało w ramach ówczesnego mocarstwa, jakim była monarchia austriacka, a ściślej: do roku 1804 Arcyksięstwo Austriackie pod berłem Habsburgów (Monarchia Habsburgów), wchodzące w skład Świętego Cesarstwa Narodu Niemieckiego, następnie w latach 1804–1867 Cesarstwo Austrii, a od 1867 roku dualistyczna Monarchia Austro-Węgierska.
W tych państwowych ramach Podgórze znajdowało się w Galicji – austriackiej prowincji czy kraju koronnym istniejącym pod nazwą Królestwa Galicji i Lodomerii, później po kolejnych przekształceniach nazwanej Królestwem Galicji i Lodomerii wraz z Wielkim Księstwem Krakowskim oraz Księstwami Oświęcimia i Zatoru.
Według kryterium przynależności do okręgów sądów apelacyjnych miasto należało początkowo do Galicji Wschodniej stanowiącej okręg sądowy Lwowa, następnie do Galicji Zachodniej, będącej okręgiem sądowym Krakowa; dalsze przemiany ustrojowe zlikwidowały w ogóle to pozageograficzne rozróżnienie na Galicję Wschodnią i Zachodnią.
Z punktu widzenia polityczno-ustrojowego Podgórze istniało początkowo w ramach oświeconej monarchii absolutnej – oświeconego absolutyzmu, zrazu z ważnymi elementami oświeceniowymi dotyczącymi przedstawicielstwa rządzonych, ewoluującego jednak z czasem w kierunku dominacji form zradykalizowanego absolutyzmu centralistyczno-biurokratycznego (z możliwą do wskazania cezurą roku 1805). Od roku 1867, wraz z ideowo-ustrojowym przekształceniem cesarstwa, także dla Podgórza nastała całkowicie nowa era: monarchii konstytucyjnej, parlamentarnej, w ramach której dopuszczono daleko idącą autonomię, w przypadku miast wyrażającą się przede wszystkich w powstaniu samorządu miejskiego, w nowoczesnym rozumieniu tego pojęcia. Od roku 1867 Podgórze zatem rządziło się w ramach autonomii galicyjskiej i jest to zasadnicza cezura w dziejach miasta (jak i całej Galicji).
Jedyny, choć istotny, wyjątek od podanej wyżej przynależności państwowej przyniosły lata 1809– –1815 – w wyniku pokoju zawartego w Schönbrunn, kończącego wojnę między Austrią i Francją, Kraków i Podgórze znalazły się w Księstwie Warszawskim, wchodząc nie tylko w jego zasięg terytorialny, lecz także struktury ustrojowo-administracyjne. Co więcej, już w roku 1810 Podgórze zostało wcielone do granic Krakowa – tracąc samodzielność miejską, otrzymało status IV dzielnicy (gminy). W tym czasie z kolei Kraków zyskał prawa miasta wolnohandlowego, co rozciągnęło się na włączone do niego Podgórze. Zatem kilkuletnia zmiana pozycji miała ustrojowo znaczenie zasadnicze, natomiast gospodarczo nieistotne. W 1815 roku, w wyniku konwencji podpisanych przez Rosję oraz Prusy i Austrię na kongresie wiedeńskim, Kraków wraz z okręgiem przekształcono w Wolne Miasto Kraków (Rzeczpospolitą Krakowską), natomiast Podgórze przywrócono do granic Austrii z pełnym statusem miejskim, jak przed rokiem 1809. Formalnie rzecz ujmując, Podgórze było samodzielnym miastem nie przez sto trzydzieści jeden lat, lecz o pięć lat z okresu Księstwa Warszawskiego mniej (zresztą nie jest to wyłącznie podejście formalne – zdążono
w tym czasie zlikwidować podgórską kasę miejską i przekształcić magistrat przy pozostawieniu jednak zasadniczej kadry urzędniczej).
W rozważaniach o ciągłości statusu miejskiego Podgórza jest przywoływany także epizod z czasów tak zwanej rewolucji krakowskiej poprzedzającej Wiosnę Ludów, kiedy to 24 lutego 1846 roku powstańcy opanowali Podgórze, a dyktator Jan Tyssowski ogłosił przyłączenie go do Krakowa. Po trzech dniach jednak wojska austriackie powróciły do miasta, „przyłączenie” nie zaistniało, a akt obwieszczający je był tylko wyrazem powstańczej,niespełnionej woli czy planu, zresztą o wątpliwym poparciu wśród podgórzan.
W wieloszczeblowej strukturze podziału terytorialnego państwa, a w ślad za tym odpowiadającej jej strukturze administracyjnej, Podgórze plasowało się – jak i inne miasta – na samym dole, jako gmina miejska (formalnie pojęcie to wprowadzono dopiero w okresie autonomii galicyjskiej). Z rzędu wszystkich gmin wyróżniono je jednak w 1889 roku zaliczeniem do trzydziestu największych miast Galicji (nie wliczając w to Lwowa i Krakowa), podległych odrębnej regulacji ustawowej.
Najwyższym suwerenem w monarchii był cesarz, w ostatecznym rozrachunku jemu wszystko w państwie podlegało i on był najwyższą instancją. Podgórzu przyszło działać pod berłem dynastii Habsburgów – cesarze Austrii i Austro-Węgier tytułowali się jednocześnie królami Królestwa Galicji i Lodomerii.
Na szczeblu administracji ogólnopaństwowej właściwa dla spraw Galicji była Zjednoczona Izba Nadworna w Wiedniu, od 1792 roku istniejąca pod nazwą Dyrekcji Kameralnej, przekształcona w 1797 roku w Kancelarię Nadworną Galicyjską, w 1802 w Zjednoczoną Kancelarię Nadworną, w końcu funkcjonująca od 1848 roku jako Ministerstwo Spraw Wewnętrznych.
Z kolei prowincja, jaką była w ramach monarchii Galicja, miała swoją administrację krajową ściśle podporządkowaną wiedeńskiej administracji państwowej. Stolicą Galicji był Lwów, tu miał siedzibę galicyjski gubernator ze swoim urzędem nazwanym lwowskim gubernium. Od przełomu lat 1856/1857, gdy kształtowano nowe zasady ustrojowe otwierające dobę monarchii parlamentarnej i autonomii galicyjskiej, na szczeblu krajowym gubernatora zastąpił namiestnik Galicji, a w miejsce urzędu gubernialnego utworzono Namiestnictwo we Lwowie.
Wyjątkowym okresem, w którym Podgórze nie podlegało lwowskim władzom gubernialnym, były lata 1855–1857. Wtedy to utworzono epizodyczny Rząd Krajowy Galicji w Krakowie dla części zachodniej Galicji, z prezydentem krajowym na czele.
W obrębie galicyjskiego obszaru zasadą był trójstopniowy podział władzy. Szczeblem pośrednim między gminą-miastem a lwowskimi władzami krajowymi były cyrkuły z władzami cyrkularnymi (odpowiednikami powiatów). Od początku istnienia Podgórza jako miasta należało ono do cyrkułu bocheńskiego, administrowanego przez starostę cyrkularnego z podległym mu urzędem cyrkularnym w Bochni. Starostwo cyrkularne było zatem bezpośrednią instancją kontrolno-nadzorczą oraz odwoławczą dla władz miejskich. Stan taki przetrwał do roku 1855.
W dekadzie 1857–1866, poszukując nowych rozwiązań w ramach reformy ustrojowej, wprowadzono w Galicji czterostopniowy system organów administracji. Zmniejszono liczbę cyrkułów, powiększając ich terytorialny zasięg działania i dzieląc je jednocześnie na powiaty. W cyrkułach ustanowiono urzędy cyrkularne z naczelnikami cyrkularnymi na czele, natomiast w powiatach urzędy powiatowe ze starostami powiatowymi. W tym okresie Podgórze podlegało Urzędowi Powiatowemu w Podgórzu, na czele którego stał naczelnik powiatu (starosta), a poprzez ten szczebel Urzędowi Cyrkularnemu w Krakowie, działającemu pod kierownictwem naczelnika cyrkułu krakowskiego. Droga urzędowa do Lwowa, nie mówiąc o Wiedniu, wydłużyła się, aparat urzędniczy rozrósł się – z eksperymentu zrezygnowano.
Rok 1867, otwierający poprzez regulacje ustawowe dla miast dobę autonomii galicyjskiej, przyniósł powrót do trójstopniowego podziału Galicji. Zlikwidowano cyrkuły, wprowadzając powiaty jako szczebel pośredni między gminami a władzami krajowymi. Dla Podgórza dodatkowo oznaczało to przejście spod trwałego do tej pory (wyłączając okres 1857–1866) podporządkowania władzom cyrkularnym bocheńskim do podporządkowania władzom powiatowym wielickim. Tak więc Podgórze podlegało starostwu powiatowemu w Wieliczce, na które składała się rada powiatowa jako organ uchwałodawczy i wydział powiatowy jako organ wykonawczo-zarządzający, oraz staroście powiatowemu w Bochni, stojącemu na czele tej powiatowej struktury.
Ta wielicka zwierzchność uległa zmianie w roku 1897, kiedy to utworzono w Podgórzu starostwo, ze starostą podgórskim na czele. Była to jednak konstrukcja nietypowa, a więź z Wieliczką nie ustała. Otóż starostwo to nie było „pełne” – nie posiadało organów samorządowych szczebla powiatowego, a jego właściwość przedmiotowa była ograniczona do spraw państwowo-administracyjnych. W tej sytuacji władze miasta Podgórza podlegały od roku 1897 do końca swego funkcjonowania w roku 1915 w zakresie spraw samorządowych organom Starostwa Powiatowego w Wieliczce, natomiast w zakresie spraw administracji państwowej Starostwu Powiatowemu w Podgórzu.
Rekapitulując:
– Podgórze było miastem austriackim w Galicji, z wyjątkiem epizodu związanego z wejściem w granice Księstwa Warszawskiego, kiedy to czasowo utraciło także samodzielność miejską;
– miasto podlegało pośrednio władzom stołecznym kraju we Lwowie, z wyłączeniem epizodu podległości krakowskiemu rządowi galicyjskiemu;
– bezpośrednią podległość Podgórza szczeblowi cyrkularno-powiatowemu należy kojarzyć w okresie przedautonomicznym z cyrkułem w Bochni, a w okresie autonomii galicyjskiej z powiatem w Wieliczce, z wyłączeniem epizodu związanego z czterostopniowym podziałem administracyjnym oraz z uwzględnieniem powstania w Podgórzu władz powiatowych, jednak w ograniczonym zakresie;
– z punktu widzenia relacji administracyjnych z miastem Krakowem (wyłączając epizod przyłączeniowy) Podgórze dwukrotnie pozostawało w zależności od Krakowa, za każdym razem pośrednio, poprzez szczebel cyrkularno-powiatowy: przez niepełne trzy lata istnienia Rządu Krajowego Galicji w Krakowie (1855–1857) oraz przez dziesięć lat eksperymentu z czterostopniowym podziałem administracyjnym (1857–1866). To bardzo mało jak na dwa miasta sąsiadujące przez rzekę i funkcjonujące w zdecydowanie przeważającym czasie, uwzględniając nawet okres Rzeczypospolitej Krakowskiej, w jednym państwie. Być może brak tej więzi strukturalno-administracyjnej był jedną z przyczyn braku ciążenia obu miast ku sobie. Podnosi się czasem, że dzisiejsza Polska odziedziczyła po poprzednikach miasta odwrócone tyłem do swoich rzek. Sąsiadując vis à vis przez Wisłę, jednocześnie odwrócone były tyłem do siebie. Oczywiście refleksja ta dotyczy czasów, gdy istniały obok siebie dwa niezależne podmioty miejskie, od tego momentu minął wiek i nic z tamtej rzeczywistości nie jest już aktualne.
