Kleparz przez całą swoją historię samodzielności miejskiej był miastem Rzeczypospolitej. Z końcem XVIII wieku nie wszedł w skład cesarstwa austriackiego jako miasto, lecz jedynie jako dzielnica Krakowa.
Osada przy kościele św. Floriana stanowiąca późniejsze miasto być może początkowo była jurydyką lub quasi-jurydyką miasta Krakowa, jednak co najmniej od lat dwudziestych XIV wieku stanowiła miasto królewskie, pozostające takim do kresu swej miejskiej podmiotowości. Władztwo królewskie nad Kleparzem królowie, jako jego właściciele, realizowali poprzez bezpośrednie podporządkowanie osady wielkorządcom krakowskim (przed 1390 rokiem krakowsko-sandomierskim) – magni procuratores – zawiadującym skarbem królewskim (w opozycji do skarbu państwowego), z którego w XVI wieku wydzielono dobra stołowe, przeznaczone wyłącznie na zaspakajanie potrzeb króla i skarbu nadwornego (Kleparz stanowił część dóbr stołowych).
W obrębie krakowskiego zespołu osadniczego miasto Kraków, ze względu na swoją rangę, podlegało bezpośrednio wojewodzie krakowskiemu. Podlegało mu także miasto żydowskie w Kazimierzu, a to ze względu na odrębność i specyfikę gminy żydowskiej, pozostającej pod deklarowaną szczególną pieczą władców, ale i stanowiącej źródło ich szczególnego pożytku. Miasta Kleparz i Kazimierz oraz jurydyki i wsie królewskie podlegały bezpośrednio wspomnianemu wielkorządcy krakowskiemu, działającemu osobiście lub poprzez podległych urzędników wielkorządowych, wśród nich zastępców – podrzędczych.
Zwierzchność wielkorządcy krakowskiego nad miastem realizowała się przede wszystkim w obszarze ekonomiczno-skarbowym, z egzekucją podatków i opłat królewskich na czele. Jej spektakularnym przejawem było prawo do nominowania władz miejskich – rajców stanowiących radę miasta. Wielkorządca dzierżył też funkcje sądowe – w pierwszej instancji dla spraw między rajcami oraz spraw związanych z nieprawidłowym wykonywaniem rzemiosł, w drugiej instancji jako sąd odwoławczy od orzeczeń sądu miejskiego radzieckiego.
Jak wspomniano, pozycja wielkorządcy krakowskiego jako zwierzchnika (reprezentanta króla, administratora, sędziego) była węzłowa nie tylko dla Kleparza, lecz i szeregu innych jednostek organizacyjnych krakowskiego zespołu miejskiego, stąd przywołajmy postaci piastujące ten urząd i mające tak duży wpływ na losy przykrakowskich miast, jurydyk i wsi wielkorządowych:
Wielkorządcy krakowscy* | W latach |
Maciej z Opatowca | 1317, 1321 |
Mikołaj | 1323 |
Herman z Opatowca | 1324, 1330, 1340 |
Mścigniew | 1334, 1338 |
Bodzęta z Kosowic | 1357, 1370, 1372, 1382 |
Jan Ligęza z Niewiarowa | 1384 |
Przybek | 1386 |
Michał | 1387, 1397 |
Pełka z Gnojna | 1388, 1391 |
Krystyn | 1388, 1390, 1393, 1395, 1397 |
Mikołaj Kula ze Skroniowa | 1393 |
Wilhelm z Okaliny | 1396–1397 |
Iwo (Iwan) Goły z Obichowa | 1398, 1400 |
Jakusz z Boturzyna | 1400, 1405, 1407 |
Świętosław Litwos z Businy | 1405, 1413–1414, 1422 |
Dziersław | 1413 |
Klemens Wątróbka ze Strzelec | 1417, 1420, 1421–1423, 1425, 1429, 1432, 1434 |
Jan Pella z Niewiesza | 1421 |
Stanisław z Poddębic (Poddębski) | 1423, 1424, 1430, 1432 |
Bartosz Obulec z Gór | 1434, 1438 |
Jan Głowacz z Oleśnicy (Oleśnicki) | 1439 |
Mikołaj Probołowski z Chełmu | 1439, 1440 |
Lutek z Tokar | 1440–1441 |
Jan Gałka z Niedźwiedzia | 1442, 1444 |
Mikołaj z Zakrzowa | 1444, 1448 |
Mikołaj Pieniążek z Witowic | 1448, 1458 |
Piotr z Lucjanowic | 1458, 1460 |
Walter (Waltek) Kesinger z Trzebini | 1460, 1471 |
Jan z Rzeszowa (Rzeszowski) | 1471 |
Grzegorz z Lubrańca (Lubrański) | 1479, 1489 |
Marcin z Borzymowa (Borzymowski) | 1490–1502 |
Jan Jordan | 1502–1507 |
Andrzej Kościelecki | 1508–1515 |
Mikołaj Jordan | 1515–1521 |
Jan Boner | 1522–1523 |
Seweryn Boner | 1524–1549 |
Bernard Maciejowski | 1549–1551 |
Jan Boner (mł.) | 1551–1562 |
Maciej Błeszyński | 1562–1567 |
Jost Ludwik Decjusz (mł.) | 1567 |
Ludwik ( Jodocus) Decjusz | 1568–1576 |
Michał Maleczkowski | 1577–1592 |
Franciszek Rylski | 1592–1603 |
Mikołaj Opacki | 1603–1608 |
Jan Płaza | 1608–1615 |
Stanisław Witowski | 1615–1633 |
Adrian Broniewski | 1633–1635 |
Zygmunt Opacki | 1635–1647, 1649–1655 |
Hieronim Radziejowski | 1647–1648 |
Aleksander Płaza | 1655 |
Hieronim Wierzbowski | 1657–1665 |
Stanisław Skarszewski | 1665–1675 |
Jan Szumowski (Szomowski) | 1675–1678 |
Marcin Kazimierz Kątski | 1679–1680 |
Adam Kotowski | 1680–1683 |
Andrzej Nielepiec | 1683–1684 |
Michał Florian Rzewuski | 1685–1687 |
Atanazy Walenty Miączyński | 1689–1692 |
Adrian Baltazar Bełchacki | 1692–1702 |
Franciszek Wielopolski | 1702–1705, 1708** |
Józef Potocki | 1705–1707, 1709** |
Jan Sebastian Szembek | 1706–1709 |
Jan Kempiński | 1710–1714 |
Wilhelm Mier | 1715–1724 |
Gaspar Ernest Blumenthal | 1725–1728 |
Jerzy Marcin Ożarowski | 1729–1733, 1733–1735** |
Jan Małachowski | 1734–1736 |
Michał (Mikołaj) Święcicki | 1736–1738 |
Stanisław Antoni Jaszewski | 1738–1744 |
Jerzy Jan Detlov Flemming | 1744–1763 |
Stanisław Łętowski | 1763–1765 |
Józef Melchior Jerowski | 1765–1767 |
Wojciech Kluszewski | 1767–1779 |
Ignacy Mikołaj Benoe | 1780–1795 |
* wieki XIV–XV na podstawie: Gąsiorowski 1990, wieki XVI–XVIII na podstawie: Leśniak 1997
** z nominacji Stanisława Leszczyńskiego
Z punktu widzenia całokształtu pozycji miasta i jego mieszkańców zasadniczą cezurą był rok 1366, w którym Kazimierz Wielki przeniósł miasto przy kościele św. Floriana z prawa polskiego na magdeburskie. Jeżeli symbolicznie operować nazwami miasta, to tym samym zamknęła się historia Wysokiego Miasta, a otwarła Florencji-Kleparza.
Ustrojowo z rokiem tym skończyła się dla miasta epoka „wójtowska”, z wójtem reprezentującym władcę-właściciela na czele miasta, a rozpoczęła stabilna i trwająca do końca samodzielności miasta epoka „samorządu miejskiego” (w kształcie właściwym dla tamtych wieków), z radą miejską, rajcami i burmistrzami na czele.
Z kolei z punktu widzenia stopnia rozwoju urbanistycznego miasta, liczebności mieszkańców i ich zamożności oraz znaczenia gospodarczego miasta Kleparz przez swoje dzieje przechodził przez trzy okresy: stopniowego wzrostu (od lokacji do końca średniowiecza), rozkwitu i świetności (cały wiek XVI i pierwsza połowa XVII wieku) oraz schyłku i upadku (od wojen szwedzkich w drugiej połowie XVII wieku do końca samodzielności miejskiej). Kondycja Kleparza niczym się więc nie różniła od kondycji przez wieki właściwej Krakowowi i pozostałym jednostkom osiedleńczym tworzącym krakowską aglomerację. Miasto to nie było „szczęśliwą wyspą” w tym zespole, nie miało się też w okresach trudnych wiele gorzej – na miarę zajmowanej pozycji – niż stołeczny Kraków i silniejszy od zarania Kazimierz. Istotna jednak uwaga: hamulcem rozwojowym, a nawet więcej, stałym zagrożeniem egzystencjonalnym Kleparza było jego usytuowanie na północnym przedpolu obronnym Krakowa, szczególnie narażonym na ataki nieprzyjacielskie
Plan Kleparza z 1744 roku, wyrysowany przez krakowskiego mistrza budowniczego Dominika Pucka (w przerysie – z tek Żegoty Paulego). Zaznaczony po stronie wschodniej „Grunt Biskupi” to jurydyka Biskupie, na północnym wschodzie „Grunta szpitalne S. Ducha” to jurydyka Błonie, od strony północnej „Pędzichów do XX. Zamkowych należący” to jurydyka Pędzichów oraz na północ i północny wschód „Grunta XX. do Kościoła S. Floriana” to jurydyka Szlak, to jest proboszczowska św. Floriana. Nad znajdującym się naprzeciwko Barbakanu targowiskiem zaznaczony ratusz, wyrysowane ulice: Długa (kończyła się na wysokości kościoła św. Krzyża, dzisiejszy pl. Słowiański), nieistniejąca już ul. św. św. Filipa i Jakuba, następnie Krowia (dzisiejsza św. Filipa) i Szlak (dzisiejsza Warszawska). Dzisiejszą ul. Szlak w północnej części oznaczono jako „między Pędzichowem a Pałacem”, natomiast nie zaznaczono dzisiejszej ul. Pędzichów, biegnącej na wschód od kościoła św. Krzyża, między gruntami kleparskimi a gruntami Pędzichowa. Kolorem czerwonym wyróżniono kościoły, kolorem niebieskim zbiorniki wód opadowych, zwane tu „kałużami” (Biblioteka Jagiellońska, sygn. rkps 5447, nr 5)
i szczególnie bronionym fortyfikacją miejską Krakowa z bramami Floriańską i Sławkowską oraz Barbakanem. Wprawdzie Kazimierz Wielki w akcie lokacyjnym z 1366 roku obiecał miastu otoczyć je murem i nigdy go nie zburzyć, ale muru obronnego nie wybudował, dotrzymując zatem tylko drugiej części zobowiązania. Z punktu widzenia sztuki wojennej nie było zasadne obwarowanie przedpola obronnego Krakowa, a w ślad za tym – budowanie tam z materiałów bardziej trwałych niż drewno. To bezsprzecznie zaciążyło na losach Kleparza niszczonego w trakcie wojen w szczególny sposób (także przez obrońców Krakowa), a w okresach pokoju specjalnie narażonego na pożary właśnie przez ten charakter zabudowy. Przykładem było spalenie drewnianego miasta i jego rujnacja podczas oblężenia Krakowa przez wojska Maksymiliana Habsburga w 1587 roku – w okresie trwania prosperity dla Krakowa i jego satelitów. Nie bez przyczyny w XVII wieku na kanwie kolejnych wydarzeń wojennych Wespazjan Kochowski komentował:
Kleparz znowu chcą palić, więc namówić kogo,
By dom kupił, dostałby teraz go niedrogo
(cyt. za: Dzikówna 1952, s. 82).
Z tego punktu widzenia takie, a nie inne usytuowanie terytorialne Kleparza w obrębie krakowskiej aglomeracji było elementem osłabiającym pozycję rozwojową miasta. Jednak na poziomie większego uogólnienia jeszcze raz należy stwierdzić, że Kleparz w równej mierze dzielił dobre i złe zrządzenia dziejowe całego zespołu miejskiego ze stołecznym Krakowem na czele i przebył wspomniane trzy okresy historyczne tak samo, jak cała aglomeracja.