Nie czekając na zakończenie terytorialnych zabezpieczeń, o których wcześniej była mowa, 26 lutego 1784 roku cesarz Józef II podpisał akt ustanawiający miasto – uniwersał Podgórze na wolne królewskie miasto jest wyniesione. Aktem tym ogłosił Podgórze miastem wolnym królewskim. Przyznano wolność osiedlania się wszelkim obcym, bez względu na profesję i wyznawaną religię, osadnicy chcący budować się mieli otrzymać bezpłatnie na dziedziczną własność parcelę w mieście oraz dziesięcioletni nieoprocentowany kredyt budowlany na pokrycie 2/3 kosztów materiałów budowlanych, wybudowane domy uzyskiwać miały trzydziestoletnią wolność od monarszych kontrybucji i dziesięcioletnie zwolnienie od czynszów z gruntów. Wszystkim mieszkańcom, nie tylko posesjonatom, zapewniono trzydziestoletnią wolność od osobistych podatków od dochodów, a na uruchomienie działalności zarobkowej bezzwrotną pożyczkę z kasy miasta w wysokości 50 złotych reńskich. Przyjęto możliwość osiedlania się Żydów i nabywania lub dzierżawienia przez nich nieruchomości, jednak pod warunkiem posiadania nieobciążonej niczym kwoty minimum 10 000 złotych reńskich. Ważnym przywilejem było zwolnienie wszystkich mieszkańców Podgórza i ich potomków z obowiązku służby wojskowej.
W obszarze praw polityczno-ustrojowych aktem tym cesarz zagwarantował stanowe przedstawicielstwo miasta, przywołując jako wzór królewskie stołeczne miasto Lwów, oraz postanowił: Nadajemy obywatelom tego królewskiego miasta równie, jak inym królewskim miastom, wolność obierania ich magistraturalnych osób podług porządku, któren im w tej mierze przepisany będzie i wszyscy bez różnicy religie tamże tolerowane wyznawający, gdy przyjmą prawo miejskie i jeżeli do tego jeszcze dobrego są charakteru i inne potrzebne przymioty posiadają, na urzędy i godności magistraturalne tak obierać, jako też być obieranemi są zdolni. Cesarz zobowiązał się też do nadawania szlachectwa wybitnym mieszczanom, bez konieczności porzucania handlowego zajęcia, z możliwością korzystania z wszelkich prerogatyw tego stanu, na równi z innymi szlachcicami, w tym do nabywania i posiadania dóbr szlacheckich.
Przyrzekł też szybkie powstanie kościoła i probostwa (do tej pory podgórzanie należli do probostwa św. Jakuba w Kazimierzu) oraz uruchomienie szkoły. Zobowiązał się również do wystawienia na koszt skarbu państwa tymczasowego ratusza dla magistratu, ustanawiając jednocześnie stały dochód do kasy miejskiej w postaci pozostawienia przy mieście wyłącznego prawa do warzenia piwa i miodu i palenia wódek, wraz z prawem szynkowania, w powszechności w całym okrągu okolicy miejskiej.
Zaledwie kilkanaście miesięcy później, 3 czerwca 1785 roku, cesarz Józef II powtórnie wydał uniwersał nadający Podgórzu prawo miejskie. Powtórzono w nim podniesienie Podgórza do godności wolnego miasta królewskiego, jak też potwierdzono i po części skonkretyzowano wolności i przywileje nadane wcześniejszym aktem. Zapisy te dotyczyły reprezentacji w zgromadzeniu Stanów Galicyjskich w liczbie jednego posła, a w sprawach praw ekonomicznych – przy potwierdzeniu monopolu miasta na napoje alkoholowe i wyszynk – wyraźnego zakazania władzom miasta monopolizowania jakiegokolwiek rzemiosła w określonym kręgu mieszkańców. Zmodyfikowano nieco wielkość i obliczanie ulg podatkowych dla osadników, wyraźnie jednocześnie stwierdzając, że nadanie praw miejskich następować winno nieodpłatnie.
Całkowitym novum tego aktu, bezsprzecznie ważnym dla nowego miasta, było nadanie mu herbu, który miał być używany przez wszystkie przyszłe czasy. Jak to zwykle bywa, to „na zawsze” skończyło się wkrótce, bo zaledwie po dwudziestu latach z niewielkim okładem. Otóż w roku 1808 cesarz Franciszek I Habsburg na prośbę podgórskiego magistratu, który sformułował ją z niewiadomych powodów, stosownym aktem zmienił miastu herb. Zawarta w jego rysunku ideowa treść i przesłanie tego istotnego symbolu i atrybutu miasta Podgórza do dzisiaj jest przedmiotem niejednolitych interpretacji, opartych – z braku źródłowych przekazów – na analogiach i domysłach.
W ślad za aktami ustanawiającymi miejski status Podgórza ukazały się rozporządzenia cesarskie wzmacniające pozycję gospodarczą miasta i jego wolnohandlowe przywileje. Dotyczyły między innymi ustanowienia składu soli, magazynów
My, Franciszek I, z łaski Boga cesarz Austrii […] król Galicji i Lodomerii […] wielki książę Krakowa […] spełniając najbardziej uniżoną prośbę magistratu w naszych dziedzicznych królestwach Galicji i Lodomerii w powiecie bocheńskim położonego królewskiego wolnego miasta Podgórza, na skutek złożonego przez nasz rząd krajowy sprawozdania i w tej sprawie przez naszą zjednoczoną kancelarię nadworną uczynionego Nam wniosku postanowiliśmy wspomnianemu […] miastu Podgórze nadać herb następujący, mianowicie: w niebieskim polu skośnie ku prawej w dół płynąca rzeka, na każdym jej brzegu kolumna ze złotym kapitelem, obok lewej na zielonej ziemi siedzi nagi brodaty mężczyzna, który w prawej ręce trzyma kij; w oddali widać strome pasmo górskie, po prawej stronie którego znajduje się kościół, po lewej zaś dom, liczne domy pojawiają się po prawej stronie u stóp pasma; wszystko w swoich naturalnych barwach i postaci [podobnie] jak [to], namalowane i za pomocą farb odrysowane, oglądamy pośrodku tego naszego cesarskiego królewskiego listu (z powyższego dokumentu, w przekładzie J. Banacha, [w:] Banach 1989, s. 118)
wosku i miodu, wprowadzenia opłat mostowych, ale najważniejsze wśród nich było rozporządzenie z 1785 roku o pomnożeniu miast składowych w Galicji, stanowiące, iż dla większey wygody y ułatwienia handlu w Galicji, oprócz Lwowa jeszcze drugie główne miasto składowe w Jarosławiu, a trzecie w Podgórzu, cztery zaś pospolite składowe miasta to jest w Zamościu, Tarnowie, Tarnopolu y Stanisławowie ustanowione być powinny. Był to więc błyskawiczny awans nowego miasta do rzędu kluczowych pod względem handlowym w galicyjskim kraju.
W okresie przynależności Podgórza do Księstwa Warszawskiego (1809–1815) w Galicji wzrosło znaczenie Tarnowa, jednakże już w roku 1816, po powrocie Podgórza do Austrii, obwieszczono rozporządzenie kameralne, głoszące: Końcem ułatwienia handlu i podług życzenia stanu kupieckiego najwyższa C.K. Kamera Nadworna bankalny inspektorat i główny skład celny w wolnem mieście Podgórzu ustanowić uchwaliła. W tym samym jeszcze roku uporządkowano kwestie urzędów celnych podległych Podgórzu. Stosowne zarządzenie ilustruje zasięg terytorialny podgórskiej strefy wolnego handlu: Ponieważ oznaczenie wolnej handlowej obwodni Podgórza jest ukończonem […] przeto też i Urzędy Celne na granicy teyże krainy ustanowione, od 1 kwietnia r.b. na linię obwodni posuną się. A zatem od wyżej wspomnianego dnia zaymą komory graniczne następujące punkta i swe rozpoczną działanie.
Urząd dla codziennego handlu w Zakrzówku, który tam ze Skawiny przeniesiony zostaje. Na gościńcu głównym z Wiednia do Krakowa: Komercyjny Urząd Celny w Borku, który dotąd jest w Mogilanach. Urząd dla codziennego handlu w Woli duchackiej, dotąd w Klasnie [część Wieliczki]. Na głównym gościńcu ze Lwowa do Krakowa: Komercyjny Urząd Celny w Prokoczynie [Prokocim], dotąd w Przebiczanach [Przebieczany]. Urząd dla codziennego handlu w Błaszowie [Płaszów], dotąd w Zabawnie [Zabawa]. Nowe ustanawia się: Komercyjny Urząd Celny w Rybakach, i urzędu dla codziennego handlu w Pasiece i Przewozie, które równie dnia pierwszego kwietnia r.b. swe rozpoczną urzędowanie.
Podgórze było zatem zarówno dobrze usytuowane na szlakach handlowych, jak i dobrze wyposażone w instrumenty dające silną pozycję na rynku handlowym. Z punktu widzenia Krakowa było to pojawienie się barier celnych oraz groźba zdominowania rynku wymiany towarów na ważnych kierunkach importowych i eksportowych przez sąsiada usytuowanego bezpośrednio za granicą. W pierwszym odruchu zaraz po ustanowieniu Podgórza miastem w 1784 roku kilkadziesiąt rodzin kupieckich przeniosło swoje interesy handlowe do nowego ośrodka, otwierając jednocześnie problem „podwójnego obywatelstwa”. Zjawisko to nie miało jednak masowego charakteru, a cesarz Józef II specjalnym zarządzeniem wydanym w 1785 roku nakazał zainteresowanym wybór: albo trwałe przeniesienie się do Podgórza, albo sprzedaż ulokowanego tam majątku. Same graniczne bariery celne nie okazały się groźne, austriacka polityka w tym zakresie nie była restrykcyjna, natomiast rosnący w siłę konkurent za Wisłą budził w tych początkowych latach bardziej obawę na przyszłość niż już realną i wymierną w stratach przeszkodę. Obawę tę krakowscy kupcy wyrażali głośno, znany jest memoriał skierowany do Komisji Skarbu Koronnego, sformułowany w dramatycznej tonacji, co prawdopodobnie oddaje ówczesny klimat wokół powstania Podgórza.
Czym innym zamysł, czym innym dalszy bieg rzeczy. Jak już wcześniej wskazano, autorom idei konkurencyjnego dla Krakowa miasta u jego boku zabrakło wyobraźni, a i bieg wydarzeń dziejowych znacznie przyspieszył. Już w 1795 roku, w wyniku III rozbioru Polski, zniknęła granica państwowa, Kraków i Podgórze wspólnie znalazły się w monarchii austriackiej, przestała istnieć racja gospodarczego osłabiania Krakowa, a Podgórze przez nastepnych kilka dziesiątków lat znalazło się w wirze brzemiennych w skutki wydarzeń polityczno-militarnych i społeczno-narodowościowych, zasadniczo wpływających na jego kondycję gospodarczą.
Jaśnie Oświecona Komisyo, Miasto Kraków teraz nadgraniczne gdy przewiduie y czuje iuż bliski swój upadek z przyczyny zakładaiącego się na Podgórzu niegdyś polskim w Kordonie na lądami Wisły niemal z Miastem Krakowem stykaiącego się nowego Miasta, które codziennemi dyspozycyami y oświadczanemi łaskami Jego Cesarskiey Królewskiey y Apostolskiey Mości w stan coraz możnieyszy wzmaga się jako z nayświeższey tu przyłączoney kopii poznać się daje, a sąsiedzkie Kraków Miasto z Obywateli przenoszących się ogołaca w Handlu, Rękodzielstwach uboży y niszczy, w Długach na różne potrzeby podczas Rewolucyi zaciągnionych żadney ulgi niedoznawszy pogrążone dwoynasob teraz Podatki wypłacające za Rozkazem łaskawym JO. Komisji środki wsparcia y ratunku swego, które w czasie należytość Skarbowi Nayiaśnieyszey Rzeczypospolitey utrzymować będą mogły y pomnożą, podaie y pokornie suplikuie, tak o rezoluowanie łaskawe siebie iako y dodanie sobie pomocy y protekcyi w Punktach któreby nie podpadały pod JO. Komisji decyzyą do Kogo z Prawa należą.
