Co do zasady nowy podział administracyjny miasta na 3 wydziały różnił się od podziału na 4 cyrkuły tym, że odpadła dzielnica kazimierska – Kazimierz powrócił do swojej miejskiej odrębności i samodzielności.
Nie było natomiast różnicy między powierzchnią dawnego Cyrkułu I Krakowskiego a nowym Wydziałem I Miasto Kraków (w obu przypadkach granicami były mury starego Krakowa), jak też zasadniczych różnic między granicami dawnego Cyrkułu III Garbarskiego i nowego Wydziału III Przedmieście Garbary–Piasek oraz dawnego Cyrkułu IV Kleparskiego a nowym Wydziałem II Przedmieście Kleparz. Zasada była taka sama: dzielnica garbarska obejmuje północno- zachodnią i zachodnią część Krakowa, natomiast dzielnica kleparska północno-wschodnią i wschodnią część miasta. Tak samo biegła też granica rozdzielająca na północy te dwie dzielnice: ul. Długa należała do dzielnicy kleparskiej, ul. Krowoderska do dzielnicy garbarskiej, dalej na północ od wysokości dzisiejszego pl. Słowiańskiego graniczną była już ul. Krowoderska i dzisiejsza ul. Mazowiecka.
Problemem jest ściślejsze określenie przebiegu granic miasta na tych obszarach, na których położone były najbardziej „zewnętrzne” względem starego Krakowa jurydyki i wsie, teraz mające stanowić część miasta.
Kwestia ta nie była jasna już wówczas, w roku 1794 i następnych dziesięcioleciach, gdy należało określić zakres terytorialny jurysdykcji miejskiej, czyli podległość prawu miejskiemu, w tym sądownictwu miejskiemu, a przede wszystkim obowiązkom podatkowym względem Krakowa. Samo pojęcie jurysdykcji nie było ostre, objęcie nią danego obszaru mogło, ale nie musiało, oznaczać jego przynależność do granic miasta, określona „zwierzchność” wobec danego terenu nie musiała skutkować uznaniem tego terenu za część miasta, za jego przyłączenie do granic miasta (przykładem jurysdykcja Krakowa względem Grzegórzek i Dąbia zasadzająca się na prawie własności). Jest inną jeszcze kwestią, bardziej generalną, na ile wówczas przykładano tak kategoryczną wagę do problemu granic miasta, jak czyniono to później i jak postrzegamy to dzisiaj. Wiele wskazuje, że mniej istotne było formalistyczne podejście do przebiegu granic, a bardziej – podejście pragmatyczne, mające na względzie przede wszystkim narzucenie i realizację obowiązków podatkowych na rzecz miasta, bez dywagacji nad wytyczaniem precyzyjnych granic administracyjnych.
Na gruncie przywoływanej już ustawy Miasta wolne Rzeczypospolitej w kontekście granic miasta wyjściowym problemem była przynależność do Krakowa – włączonego do jego granic w 1792 r. mocą ustaw Sejmu Czteroletniego – odrębnego do tej pory miasta Kazimierza z przedmieściem Smoleńsk. W tymże 1792 r. mocą rozstrzygnięć targowickich Kazimierz odzyskał swoją samodzielność, teraz kwestia zależała od interpretacji prawa ustanowionego w 1793 r. przez sejm grodzieński. Spór w tej sprawie między Krakowem a Kazimierzem rozsądziła Komisja Policji Koronnej na sesji ekonomicznej 24 lutego 1794 r. w Warszawie – Kazimierz wbrew protestom Krakowa pozostał miastem odrębnym, zaliczonym – w myśl ustawy z 1793 r. – do II klasy miast, z tytułem „Wolne Miasto Rzeczypospolitej Kazimierz”. (Z byłym odrębnym miastem Kleparzem, włączonym do Krakowa w 1792 r., tego problemu co z Kazimierzem nie było, na mocy ustawy z 1793 r., mając poniżej 400 domów, Kleparz mógłby aspirować co najwyżej do III klasy miast, obejmującej „miasteczka parafialne” – Kleparz pozostał w granicach Krakowa).
Przywoływana tu ustawa z 1793 r. Miasta wolne Rzeczypospolitej w art. III stanowiła:
Co do własności i znaczenia Miast w ogóle i w szczególności Mieszczanina.
1-mo: Miasta od pierwszego Numeru Domów, aż do ostatniego z Przedmieściami za jedno Miasto pocztujemy; a ztąd wszelkie Jurydyki Szlacheckie i Duchowne, tak co do Policji i bezpieczeństwa ogólnego, jako i Sądowości znosiemy […].
Zapis ten, wprowadzający jako kryterium numeracje domów oraz niesformalizowane, nieostre pojęcie „przedmieść”, stał się źródłem sporów o przynależność do Krakowa przede wszystkim wsi lub ich części mocą ustaw Sejmu Czteroletniego włączonych do miasta, a mocą rozporządzenia targowickiego odłączonych od niego, tj. Krowodrzy, Łobzowa, Nowej Wsi, Czarnej Wsi, Półwsia Zwierzynieckiego i Zwierzyńca. Spory te będą aktualne jeszcze w czasach Rzeczypospolitej Krakowskiej i nawet później (odnośnie do Czarnej Wsi, Półwsia Zwierzynieckiego i Zwierzyńca). Nie bez przyczyny zaborcze władze austriackie w 1800 r. uznały za konieczne ponownie zadekretować „zniesienie na zawsze” samodzielności przedmieść miasta, w tym gruntów będących dawnymi jurydykami, a jurysdykcję nad nimi w całości przelać na władze Krakowa. Pomimo tej kolejnej regulacji spory „graniczne”, jak powiedziano, trwały nadal. I uwaga na marginesie: taki stan rzeczy powoduje, że na prezentowanych w tym tomie planach i mapkach dla niektórych etapów podziałów terytorialnych miasta zewnętrzne granice nie są zarysowywane jako aż nazbyt niepewne. Nie zmienia to jednak poglądu na podział miasta na danym etapie.
Jak już wskazano, Kraków podzielono na 3 wydziały, kierując się ustawową regułą, że wydział nie może liczyć mniej niż 500 posesji (domów). Opis terytorialny wydziałów podaje Adam Chmiel na podstawie memorandum Magistratu krakowskiego przedłożonego Directorium Policyjnemu po zajęciu Krakowa przez Austriaków 5 stycznia 1796 r., fragmentami cytując ten memoriał relacjonujący stan istniejący od roku 1794:
Pierwszy wydział obejmował Rynek, główne ulice: tj. Grodzka, Sienna, Mikołajska, Floriańska, św. Jana, Sławkowska, Szczepańska, Szewska, św. Anny, Wiślna i Bracka, nadto ulice poprzeczne, znajdujące się w tych głównych ulicach jako to: „w Grodzkiej 1) Szeroka, 2) św. Józefa, 3) Kanowna (Kanonicza) ze swoimi przecznicami bez nazwiska; w Siennej 1) Stolarska, 2) Rzeźnicza z przecznicami (tj. Mały Rynek); w ulicy Mikołajskiej 1) Szpitalna, 2) Różana podobnież z przecznicami; w ulicy Floriańskiej, Świętojańskiej przechody poprzeczne bez nazwiska; w ulicy Sławkowskiej Żydowska i przecznice niektóre; w ulicy św. Anny poprzeczne; w ul. Wiślnej 1) Gołębia z przecznicami; w ul. Brackiej podobnież poprzeczne, nie mające swojej nomenklatury”.
Drugi wydział tj. Kleparz, obejmował trzy rynki publiczne targowe kleparskie. Pierwszy rynek rozciągał się na przestrzeni zamkniętej z jednej strony ulicami Lubicz, Wesołą, Długą i Szlak, z drugiej strony wały i mury miejskie. Drugi pomniejszy rynek czyli Targowisko Końskie, był na ulicy Różaną zwanej (na Kleparzu) ku jatkom rzeźniczym. Trzecie „Targowisko na bydło rogate i nierogate” zajmowało miejsce od Furtki Mikołajskiej aż do Bramy Nowej (poza murem i wałem). W wydziale tym były następujące ulice: 1) Długa z innymi poprzecznymi, Błonie, Krowoderska, Pędzichów rzeczonymi, 2) Szlak (dzisiejsza Warszawska) z pobocznymi: Rzeźniczą, Krowią, Różaną, Proboszczowską, Ogrodową i Podwalem zwanymi, 3) Lubicz, 4) Wesoła z przecznicami i bocznymi ulicami Strzelecką, Nadwiślańską, Brzeg i Lazaretową.
W wydziale trzecim tj. na przedmieściu Garbarze zwanym „nie masz żadnego rynku. Ulice zaś i przechody po większej części biorą swoje nazwiska od nomenklatur gruntów i jurydyk, zniesionych podług prawa sejmu grodzieńskiego w r. 1793 i włączonych do Krakowa tj.: 1) Biskupie, 2) Nowa Wieś, 3) Smoleńsko, 4) Drohojowszczyzna, 5) Koniecpolszczyzna, 6) Retoryka, 7) Wygoda, 8) Groble, 9) Podzamcze, 10) Łobzów”. Właściwe przedmieście Garbarskie (Piasek) miało następujące ulice główne: 1) Pańską (dzisiejsza Garbarska), 2) Piasek (tj. część ul. Karmelickiej od dzisiejszych Plant do kościoła Karmelitów), 3) Czarną Wieś (dzisiejsza ul. Karmelicka od kościoła Karmelitów na Piasku niżej), 4) Dolną (tj. dzisiejszą ulicę Rajską ze swoimi przecznicami, nie mającymi pewnego nazwiska (Chmiel rkps, R. 3).