Działalność organów kolegialnych miasta nie byłaby możliwa bez wsparcia zawodowych urzędników. Miejscem niezwykle istotnym w zarządzaniu miastem była kancelaria radziecka. Jej nieliczny personel składał się z pisarza, jego zastępcy i zapewne kilku skrybów. Pisarz i jego zastępcy od 1522 roku byli zrównani w prawach, a z czasem także wyrównaniu uległo ich wynagrodzenie. Byli oni dobrze opłacani, gdyż wymagano od nich solidnego wykształcenia (często posiadali tytuł doktorski), a także biegłego posługiwania się językiem polskim, łacińskim oraz niemieckim. Do obowiązków pisarzy należało dbanie o porządek w aktach, systematyczne wprowadzanie do nich protokołów z obrad (co rada niejednokrotnie kontrolowała). Musieli strzec tajemnicy ksiąg, nawet przed poszczególnymi rajcami. Pisarz główny, zwany z czasem sekretarzem miasta, zobowiązany było do pilnowania zgodności z prawem podejmowanych na posiedzeniach rady decyzji. W wyniku zmian na początku XVIII wieku w miejsce drugiego pisarza ustanowiono regenta kancelarii.
Kancelaria wójtowska była skromniejsza. Księgi prowadził w zasadzie zastępca wójta - podwójci, którego wspierało w tym kilku pomocników. W 1598 roku doszło do utworzenia trzeciej kancelarii miejskiej, której pracami kierował pisarz dochodów miejskich. Przejął on wszystkie sprawy związane z finansami miasta i prowadził je z pomocą dwóch pomocników: pisarza celnego i pisarza browarnego.
Do najważniejszych urzędników miasta Krakowa należeli też syndycy - specjaliści z zakresu prawa, reprezentujący interesy miasta przed sądami, na sejmach i sejmikach, na dworze królewskim. Dobrze wykształceni, byli sowicie wynagradzani przez radę. Wprowadzeni szczegółowo w sprawy miejskie mieli realny wpływ na ich bieg. Awansowali też niekiedy do rady miejskiej. Oprócz syndyków oficjalnych, urzędowych, miasto angażowało także reprezentantów prawnych okazjonalnie, do załatwienia jednej określonej sprawy.
Wśród krakowskich urzędników średniego szczebla duże znaczenie odgrywał wspomniany już wcześniej hutman (hetman) ratuszy — zarządca ratusza i przełożony wiertelników przysięgłych oraz służby ratusznej i straży miejskiej, który na polecenie rady wykonywał również zadania specjalne, na przykład w razie zarazy pozostawał w mieście i zamykał dotknięte chorobą domy. Jednoosobowo rozsądzał też drobne spory pomiędzy pospólstwem.
