„Zatem obejmujemy wposiadanie,jak to obecnie czynimy, wzmiankowane miasto Kraków i okręgjego i wcielamy go na zawsze do naszej korony, jako część integralną naszego cesarstwa” - zapisał Ferdynand I Habsburg zwany Dobrotliwym w akcie objęcia w posiadanie miasta Krakowa i jego okręgu przez cesarza Austrii wydanym w Wiedniu 11 listopada 1846 roku.
W ślad za tym 16 listopada austriacki feldmarszałek porucznik hrabia Henryk Castiglione, tytułujący się „przewodniczącym tymczasowego rządu Wolnego Miasta Krakowa”, a w istocie komendant okupacyjny miasta, ogłosił krakowianom w specjalnym obwieszczeniu, że„miasto Kraków ze swoim okręgiem Austrii przywrócone i z monarchią austriacką połączone zostaje, ażeby przez Jego Cesarsko-Królewską Apostolską Mość, tak jak przed rokiem 1809, był posiadanym”.
Wcielenie Krakowa do cesarstwa austriackiego stało się faktem. Terytorium byłego Wolnego Miasta Krakowa stało się teraz Wielkim Księstwem Krakowskim (Grossherzogtum Krakau), które wraz z Królestwem Galicji i Lodomerii oraz Księstwem Oświęcimskim i Zatorskim tworzyło jeden kraj koronny cesarstwa pod nazwą „ Królestwo Galicji i Lodomerii z Wielkim Księstwem Krakowskim i Księstwem Oświęcimskim i Zatorskim”.
Władzę wojskową w Krakowie objął wspomniany już generał Castiglione, zwierzchnią władzę cywilną przejął hrabia Maurycy Deym, były starosta Pragi, mianowany komisarzem nadwornym. Ustanowiona u samego schyłku Rzeczypospolitej Krakowskiej stała Rada Administracyjna z Jackiem Księżarskim jako dyrektorem na czele działała nadal, będąc już jednak nie urzędem Wolnego Miasta Krakowa, lecz od 1 grudnia 1846 roku urzędem cesarsko-królewskim.
1 stycznia 1848 roku Radę Administracyjną rozwiązano. Jej funkcje przejął — do czasów ustanowienia nowych władz miejskich - nowo utworzony urząd cyrkularny podporządkowany staroście cyrkularnemu; cesarsko-królewskim starostą został hrabia Wilhelm Krieg de Hochfelden, który - będąc z racji urzędu przełożonym policji - stał się faktycznym zarządcą miasta.
Jednak dalsze urządzanie miasta wstrzymane zostało wydarzeniami Wiosny Ludów. Rewolucja majowa 1848 roku w Wiedniu wstrząsnęła monarchią, pociągnęła za sobą wystąpienia także w Galicji i Krakowie, mające podłoże w roszczeniach społecznych i narodowościowych, ale także i politycznych — w tym ostatnim zakresie co do samostanowienia w ramach autonomii i poszerzenia praw obywatelskich. W Krakowie na przełomie marca i kwietnia tegoż roku powstał Komitet Obywatelski, przekształcony niebawem w Narodowy Komitet Krakowski, mający pośredniczyć między społecznością miejską a władzą, pod przewodnictwem Józefa Walentego Krzyżanowskiego, późniejszego prezesa Rady Miejskiej. 25 i 26 kwietnia doszło do rozruchów ulicznych stłumionych barbarzyńskim zbombardowaniem miasta z murów Wawelu, którym dowodził generał Castiglione. Powstańcy skapitulowali, w mieście zapanowały znowu rządy wojskowe. Skompromitowani brutalnością Castiglione i hrabia Krieg opuścili miasto, a w ich miejsce komisaryczne rządy kolejno obejmowali: austriacki generał-major baron Karol Moltke jako wojskowo-cywilny komendant, austriacki feldmarszałek hrabia Franciszek Schlick jako wojskowo- -cywilny gubernator oraz gubernator Galicji hrabia Wacław Zaleski jako tymczasowy zarządca miasta (do czasu wyborów do Rady Miejskiej w październiku 1848 roku).
Monarchia austriacka wyszła z okresu Wiosny Ludów zwycięsko, politycznie trwał system rządów absolutnych. Jednak po rewolucji 1848 roku reformy ustrojowe w cesarstwie były już nieuniknione. W kwietniu 1848 roku cesarz ogłosił konstytucję, a wkrótce potem ordynację wyborczą; akty te, niedemokratyczne i niespełniające nadziei społecznych, już w maju tego roku Ferdynand I zawiesił. Jego następca, Franciszek Józef I, w marcu 1849 roku nadał kolejną konstytucję, uchyloną jednak w roku 1851, co oznaczało powrót do rządów absolutnych. Nastały czasy określane jako „era Bacha” - od nazwiska konserwatywnego i centralistycznego polityka Alexandra von Bacha, w latach 1852-1859 ministra stanu.
Upadek rządów absolutnych nastąpił dopiero w 1859 roku, po klęsce Austrii w wojnie z Francją i bankructwie finansowym. Nową politykę i zmiany ustrojowe realizował powołany na stanowisko ministra stanu liberalny polityk galicyjski hrabia Agenor Gołuchowski. 20 października 1860 roku został wydany dyplom cesarski, zwany„Dyplomem październikowym”, który tworzył podstawy autonomii krajów koronnych poprzez wprowadzenie instytucji przedstawicielskich sejmów krajowych. Akt ten niebawem został zastąpiony wydanym 26 lutego 1861 roku patentem cesarskim zwanym „Patentem lutowym”. Wprowadzał on w cesarstwie austriackim rządy konstytucyjne.
W tych warunkach politycznych i normatywnych następowały kolejne przekształcenia ustrojowe władz miejskich Krakowa:
-W sierpniu 1848 roku wspomniany gubernator Galicji Wacław Zaleski przystąpił do urządzania nowej administracji dla okręgu i miasta. Na czele okręgu (dawny obszar Rzeczypospolitej Krakowskiej) postawiono kolejny już organ o nazwie „Rada Administracyjna”, nominując na jej prezesa Piotra Michałowskiego, dziedzica w Krzyżtoporzycach koło Krakowa, malarza romantycznego, który Radzie tej prezesował do roku 1854. W mieście przywrócono po półwiekowej przerwie Radę Miejską, wybieraną przez mieszkańców, złożoną z 30 radców reprezentujących Kraków i 10 pochodzących z Kazimierza, w tym w ogólnej liczbie 30 chrześcijan i 10 izraelitów. Przewidziano także wybór 12 zastępców radców. Kadencja miała trwać 4 lata, z odnawianiem składu co 2 lata (ustępowali radcy wskazani drogą losowania). Prawa wyborcze zgodnie z ordynacją mieli osiadli obywatele, z wyłączeniem robotników utrzymujących się z dziennego zarobku oraz służących.
Wybory odbyły się 25 września 1848, ich wyniki zatwierdził gubernator 2 października, a nowa Rada Miejska ukonstytuowała się 17 października, wybierając na swojego prezesa Józefa Walentego Krzyżanowskiego, byłego przewodniczącego Narodowego Komitetu Krakowskiego czasu Wiosny Ludów. Wiceprezesem Rady został Ignacy Paprocki, który po śmierci Krzyżanowskiego od kwietnia 1949 roku został p.o. prezesem. Rada przejęła obowiązki rozwiązanej Dyrekcji Policji, co pozwoliło skupić całość administracji w jej gestii. Działała poprzez swoje dwa wydziały: Wydział Porządku1 Bezpieczeństwa Publicznego, zwany politycznym, oraz Wydział Administracji i Skarbu, zwany ekonomicznym. W każdym wydziale zasiadało 2 radców płatnych i 3 radców niepobierających wynagrodzenia. Wydziałom podporządkowane były biura. Nadzór nad Radą sprawowała Komisja Gubernialna w Krakowie — organ podporządkowany Gubernatorstwu Galicji z gubernatorem na czele, który z kolei podporządkowany był Ministerstwu Spraw Wewnętrznych w Wiedniu.
-W styczniu 1849 roku w związku z powstaniem węgierskim wprowadzono na terytorium Galicji stan wojenny, który trwać będzie do początku roku 1854. W cesarstwie następował powrót do władzy absolutnej realizowanej poprzez scentralizowaną administrację państwową. W Krakowie Rada Miejska pozbawiona została władzy policyjnej, dla której Komisja Gubernialna ustanowiła Komitet Bezpieczeństwa Publicznego, przemianowany w lipcu 1849 roku w Cesarsko-Królewskie Starostwo Grodzkie. W miejsce zlikwidowanego wydziału politycznego w Radzie Miejskiej ustanowiono (wydanymi 16 kwietnia 1849 roku gubernialnymi przepisami „Tymczasowe urządzenie Rady Miejskiej w Krakowie”) Wydział Sądowy właściwy dla osądzania przestępstw i wykroczeńoraz prowadzenia czynności przygotowawczych w przypadku zbrodni, przekazywanych bez osądzania sprawy do sądu. Rada i jej Wydział Sądowy nie były natomiast właściwe dla spraw cywilno- prawnych. Rozbudowana została struktura Wydziału Administracji i Skarbu, w którym wydzielono kasę miejską, ekonomię, wagę miejską, biuro kwaternicze, budownictwo miejskie, inspektorat dochodów niestałych i biuro rachuby przekształcone w Izbę Obrachunkową.
Miasto podzielone było na 5 cyrkułów, w których administrowali komisarze cyrkularni podlegli Radzie. Pomimo upływających kadencji w latach 1850 i 1852 rząd gubernialny odmówił przeprowadzenia wyborów mających uzupełniać połowę składu Rady Miejskiej, prolongując kadencję Rady wybranej w pierwszych wyborach w 1848 roku. Nowy naczelnik Komisji Gubernialnej hrabia Franciszek Mercadin raportował wspomnianemu ministrowi Bachowi o wrogim nastawieniu do rządu krakowian i łączeniu się większości członków Rady Miejskiej z „frakcjami rewolucyjnymi” - w rezultacie reskryptem wydanym 19 maja 1853 roku rada została rozwiązana Z dniem 1 lipca tegoż roku.
-Na mocy przywołanego reskryptu z maja 1853 roku ustanowiona została tymczasowa władza miasta w postaci Magistratu (pełna nazwa: Magistrat Królewskiego Głównego Miasta Krakowa). Magistrat składał się z burmistrza, 4 radców, 2 sekretarzy, personelu urzędniczego i służby. Burmistrz i cały personel urzędniczy pochodził Z nominacji rządowej i w całości podlegał Komisji Gubernial- nej. Był pierwszą instancją w sprawach administracyjnych-policyjnych, jednak w szczupłym zakresie, gdyż dla ważniejszych spaw właściwość zarezerwowana została dla Komisji Gubernialnej działającej wówczas jako instancja pierwsza. Wewnętrznie Magistrat złożony był z przydzielonego zespołu urzędników pomocniczych oraz wydzielonych biur miejskich, wśród nich dziennika podawczego,registratury, ekspedytu, kasy miejskiej, urzędu budownictwa miejskiego, urzędu konskrypcyjnego, urzędu kwaterniczego, kantoru służących, aresztu miejskiego, komisariatu targowego, ekonomii miejskiej, rzeźni miejskiej, wagi miejskiej, urzędu zdrowia, straży ogniowej, komisariatu policyjnego.
Pierwszym tymczasowym burmistrzem został mianowany Fryderyk Tobiaszek, zastąpiony po 3 latach przez Andrzeja Seidlera, urzędującego do 1866 roku. Od 1855 roku Magistrat był podzielony na 4 branżowe departamenty. Z kolei w miejsce dotychczasowych 5 cyrkułów powstały nowe jednostki pomocnicze w ramach terytorium miasta - 3 obwody. Administrowali w nich podlegli Magistratowi komisarze obwodowi (zmniejszenie jednostek podziału terytorialnego związane było z wyłączeniem z granic miasta Zwierzyńca, Łobzowa, Nowej Wsi i Krowodrzy). Językiem urzędowania wewnętrznego i w stosunkach z władzami zwierzchnimi był język niemiecki, język polski był dopuszczony w relacjach między władzą miejską a mieszkańcami - stronami spraw.
Równocześnie z powołaniem nowego Magistratu ustanowiono Wydział Miejski — ciało kolegialne mające stanowić pozostałość po Radzie Miejskiej. Wydział pochodzący z nominacji składał się z 20 członków (15 chrześcijan i 5 żydów), niepobierających pensji, mających głos w sprawach prawnych i majątkowych miasta. Przewodniczącym Wydziału Miejskiego, zwanym „starszym”, został były p.o. prezes Rady Miejskiej Ignacy Paprocki. Brak dokładnego określenia kompetencji Wydziału oraz jego usytuowania względem Magistratu spowodował, że ciało to nie podjęło działalności, a „starszy” złożył rezygnację z godności.
-Rok 1859 przyniósł klęskę Austrii w wojnie z Włochami, upadek bachowskiego systemu i otwarcie prób nadania cesarstwu kształtu monarchii konstytucyjnej. Tzw. „Dyplom październikowy” ogłoszony w 1860 roku zapowiedział zwołanie sejmików prowincjonalnych oraz ustanowienie centralnej Rady Państwa w Wiedniu. Aktualne stałosię żądanie autonomii dla Galicji. W kwietniu 1860 roku rozporządzeniem cesarskim zniesiono galicyjski rząd krajowy w Krakowie (utworzony po rozwiązaniu Komisji Gubernialnej), podporządkowując cały obszar Galicji bezpośrednio Namiestnictwu we Lwowie. Urzędy krajowe przeniesione zostały do Lwowa, a ranga Krakowa kolejny raz została obniżona (pozostał „stolicą” Wielkiego Księstwa Krakowskiego, co - upraszczając - odpowiadało randze niewiele większej od powiatowej). „Patent lutowy” z 1861 roku sprecyzował kompetencje sejmików krajowych (jednak z domniemaniem kompetencji władz centralnych, tj. Rady Państwa złożonej z Izby Panów i Izby Posłów). Patent ten zawierał statuty dla poszczególnych krajów, w tym dla Galicji - obowiązywały one do 1918 roku. Powołano galicyjski Sejm Krajowy i Wydział Krajowy, przystąpiono do wprowadzania samorządu powiatowego i gminnego.
Istniejący w Krakowie, ale faktycznie niedziałający Wydział Miejski na posiedzeniu w grudniu 1860 roku złożył na ręce burmistrza Andrzeja Seidlera rezygnację, uznając, że po wydaniu „Patentu październikowego” nie ma legitymacji pochodzącej z wolnych wyborów do reprezentowania mieszkańców. Przedstawiono też ministrowi stanu Agenorowi Gołuchowskiemu projekt reform obejmujący przeprowadzenie wyborów, rozszerzenie zakresu działania reprezentacji miejskiej, wprowadzenie języka polskiego i jawności obrad. Projekt Wydziału został zatwierdzony w Wiedniu w października 1861 roku pod nazwą„Prowizoryczny zakres działania Wydziału Miejskiego gminy miasta Krakowa i regulamin obrad”. Wydział Miejski miał odtąd uchwalać budżet miasta i kontrolować rachunki Magistratu, który został określony jako organ wykonawczy Wydziału.
Sam Magistrat otrzymał szersze kompetencje, urząd stojącego na czele Magistratu burmistrza przemianowano na „naczelnika magistratu” (zachowała się jednak dotychczasowa nomenklatura) - na urząd ten nominował minister stanu. Podział Magistratu na 5 departamentów został odzwierciedlony w podziale Wydziału Miejskiego na 5 sekcji.Wprowadzono język polski jako urzędowy i jawność posiedzeń Wydziału jednakże odmówiono rozpisania wyborów. Po okresie tylko formalnego istnienia Wydział był personalnie zdekompletowany.
Wobec braku perspektywy przeprowadzenia wyborów do Wydziału, próbujący reaktywować jego pracę Walery Wielogłowski, po uzyskaniu kolejnej odmowy na przeprowadzenie wyborów, doprowadził 16 października 1863 roku do ostentacyjnego zrzeczenia się funkcji przez pozostały, kadłubowy skład. Burmistrz - Naczelnik Magistratu uzyskał akceptację Namiestnictwa dla przejęcia spraw rozwiązanego w ten sposób Wydziału i prowadzenia ich na posiedzeniach złożonych z radców Magistratu. Stan ten przetrwał przez kolejne 3 lata, do uzyskania autonomii na podstawie tymczasowego statutu gminnego z 1866 roku.
Dla dopełnienia obrazu tego okresu przywołać należy także czas zrywu narodowego - powstania styczniowego. Wprawdzie militarne i polityczne działania podejmowane w Krakowie nie miały większego wpływu na bieg wydarzeń, ale jednak miasto pełniło istotną rolę bazy i zaplecza zaopatrzeniowego, szczególnie w broń pochodzenia wiedeńskiego i rodzimej produkcji. Z miasta wychodzili do powstańczych walk ochotnicy, miasto przyjmowało uchodźców. W strukturze władz powstania umocowani byli naczelnicy miasta; w okresie od lipca 1863 roku do czerwca 1864 roku funkcję tę sprawowali kolejno Adolf Aleksandrowicz i Adam Słotwiński. Skala krakowskich wydarzeń nie pozwalała im jednak wpływać na administrowanie miastem - władze miejskie działały, jednak od lutego 1864 roku do kwietnia 1865 roku w warunkach ogłoszonego w całej Galicji stanu oblężenia.
— W połowie 1866 roku wybuchła wojna prusko -austriacka, zakończona po kilku tygodniach - w lipcu tego roku - klęską Austriaków pod Sadową. Kolejny raz austriackie niepowodzenia militarne otwierały krakowianom i miastu dobre perspektywy. Od momentu „Dyplomu październikowego” Z 1860 roku przedstawiciele Krakowa zabiegaliu władz wiedeńskich o autonomię dla miasta, powstawały projekty statutu dla Krakowa. Ostatecznie projekt wypracowany przez miejską komisję trafił pod obrady Sejmu Krajowego we Lwowie. 20 lutego 1866 roku nastąpiło w Sejmie trzecie jego czytanie, referentem był poseł Mikołaj Zybli- kiewicz, przyszły prezydent miasta. Tego samego dnia Sejm uchwalił „Tymczasowy statut gminy dla miasta Krakowa”, który ustawą carską z 1 kwietnia tegoż roku został wprowadzony w życie. Z niewielkimi zmianami obowiązywał on aż przez 35 lat, do października roku 1901. Na jego podstawie 1 sierpnia 1866 roku odbyły się pierwsze wybory do Rady Miejskiej — Kraków odzyskał samorząd.
Porażkę Austrii w wojnie z Prusami wykorzystała opozycja węgierska. Cesarz, przyjmując żądania węgierskie, zasadniczo przebudował monarchię. Tzw. konstytucją grudniową z 1867 roku wprowadzono dualistyczną monarchię austro-węgierską, ze wspólnym monarchą, armią, dyplomacją i systemem monetarnym. Obie części monarchii rozdzielała rzeka Litawa, dopływ Dunaju. I obie te części, to znaczy kraje austriackie (tzw. Przedlita- wia, w jej obrębie Galicja z Wielkim Księstwem Krakowskim i Krakowem) oraz ziemie węgierskie (tzw. Zalitawia), w stosunkach wewnętrznych zachowały daleko idące odrębności. Kraków i Wielkie Księstwo Krakowskie w ramach Galicji jako jednego z 17 krajów koronnych znalazł się w monarchii austro-węgierskiej.
Po latach zastoju i upadku, latach obcej władzy, nastał dla Krakowa dobry czas odrodzonego w ramach autonomii galicyjskiej samorządu, czas należycie spożytkowany dla rozwoju miasta.
