Punktem wyjścia dla nowego podziału administracyjnego miasta był wydany w 1800 r. dekret rezydującej w Wiedniu cesarskiej Kancelarii Nadwornej Galicyjskiej – jego mocą połączono Kazimierz z Krakowem, jednocześnie znosząc ostatecznie wszelkie jurydyki i wyznaczając nowe terytorium miasta, uszczuplone w porównaniu z rokiem 1792 o Półwsie Zwierzynieckie, Nową Wieś, Łobzów i Krowodrzę. Przyłączenie Kazimierza było pewnym procesem, którego etapem było pismo z początku 1801 r. wystosowane do miasta Kazimierza przez Urząd Cyrkularny, w którym zakomunikowano o ostatecznym przyłączeniu do Krakowa z chwilą zainstalowania nowo uregulowanego Magistratu krakowskiego. Tak też się stało. Nowo zorganizowany Magistrat rozpoczął swoje czynności 1 września 1802 r., z tym dniem objął także władzę nad miastem Kazimierzem. W konsekwencji dzień ten uznać można za datę wejścia w życie nowego podziału Krakowa w nowym jego kształcie – na miasto i 3 wydziały.
Podział w tym kształcie przetrwał do końca pierwszego zaboru austriackiego w 1809 r. i obowiązywał do początku 1811 r., gdy Kraków znajdował się już w ramach Księstwa Warszawskiego. Wówczas to nastąpiło przyłączenie do Krakowa miasta Podgórza i wprowadzenie w życie nowego podziału, na 4 gminy, uwzględniającego już nową sytuację terytorialną miasta – znosiło to jego podział na miasto i 3 wydziały.