Dawna wieś po prawej stronie Wisły, obecnie w zachodniej części miasta Krakowa, około 13 km od jego centrum, nad rzeką Wilgą, przy starym trakcie solnym z Wieliczki na Śląsk, sąsiadująca z Kobierzynem, Borkiem Fałęckim i Jugowicami II (w tych trzech przypadkach od 1941 roku z Krakowem), ze Swoszowicami, dalej z leżącymi do dziś w swoich zasadniczych częściach poza granicą Krakowa Lusiną i Libertowem, jak też z Sidziną.
W najstarszej znanej wzmiance, pochodzącej z 1229 roku, nazwa wsi odnotowana w brzmieniu de Opatkowic. W innych dawnych zapiskach: Opatkouicze (1373), Oppathkowicze (1470), Opatkowice (1582). Nazwa wsi pochodząca od opactwa tynieckiego.
Wieś należała do parafii pw. św. Jakuba Apostoła w Kazimierzu przy Krakowie, od 1772 roku do parafii pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny w Gaju, od 1925 roku do parafii pw. Matki Boskiej Zwycięskiej w Borku Fałęckim. W godle z pierwszej połowy XIX wieku insygnia opackie.
Kościelna część Opatkowic została lokowana na prawie niemieckim w 1367 roku, za panowania Kazimierza Wielkiego, szlachecka część uzyskała taką lokację w 1407 roku, za panowania Władysława Jagiełły. Pierwotne centrum umiejscowione zostało w rejonie dzisiejszej ulicy Smoleńskiego. W XIX wieku odnotowywano nazwy pól i rejonów wsi: Zalaszcze, Zarowice, Dąbrówka, Na Gajkach, Zamoszcze.
Historycznie wieś była własnością duchowną, należała przez wieki w swojej zasadniczej części do opactwa Benedyktynów w Tyńcu, jednakże odnotowano również zmieniających się cząstkowych właścicieli dóbr. W 1374 roku dziedzicem części Opatkowic był Piotr, który dziedzictwo to odstąpił Mikołajowi, synowi Ratołda, z 1407 roku znany jest Przecław, dziedzic z Opatkowic, w drugiej połowie XV wieku mieli tam swoją własność cystersi z Mogiły. Częścią Opatkowic władali też kustosze krakowscy mający tam swoje uposażenie, z czego zrezygnowali za zgodą kapituły katedralnej w 1597 roku, odstępując swoje dobra opactwu tynieckiemu.
Przed rozbiorami gromada Opatkowice należała do powiatu szczyrzyckiego, po roku 1772 znalazła się jako gmina w austriackim cyrkule wielickim, od 1782 roku w cyrkule myślenickim. Od 1815 roku jako gromada (od 1856 roku gmina) nadal w cyrkule myślenickim, w 1819 roku przemianowanym na wadowicki. W czasach autonomii galicyjskiej, od 1866 roku, wieś miała status gminy jednostkowej, należała do powiatu wielickiego, od 1896 roku do powiatu podgórskiego – stan ten przetrwał do czasów II Rzeczypospolitej, do roku 1923, kiedy to Opatkowice objęto powiatem krakowskim. W 1934 roku wieś przemianowana została na gromadę i włączona w skład wielowioskowej gminy zbiorczej Borek Fałęcki. Uległo to zmianie w 1941 roku – gromada Opatkowice weszła w skład gminy zbiorczej Swoszowice. W wyniku reformy likwidującej dotychczasowe gminy i gromady od roku 1954 Opatkowice objęto wielowioskową gromadą Swoszowice ze statusem wsi (od 1958 roku stanowiącej sołectwo) – co obowiązywało do 1972 roku.
W roku 1973 wieś Opatkowice wyłączona została ze struktury ustrojowej powiatu krakowskiego i włączona do granic miasta Krakowa, do dzielnicy administracyjnej Podgórze.
Obecnie tereny tej dawnej wsi stanowią część dzielnicy samorządowej X Swoszowice.
Ze Słownika geograficznego z lat 1880–1902: Opatkowice wieś, na lewym brzegu Wilgi, przy gościńcu u Podgórza do Mogilan. Mają 429 mieszkańców, 371 rzymskich katolików, a 58 izraelitów. Gleba jest glinka urodzajna a lasy liściowe. Dawniej była w większej części własnością opactwa tynieckiego Długosz kupił tutaj 1471 roku dwa łany kościelne za 100 grzywien dla księży paulinów na Skałce.
(1820) Odciski pieczęci urzędowych Opatkowic z lat 1820, 1855, 1927 i 1948 (CPAHU we Lwowie, sygn. fond 20, opis 1, sprawa 266; Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. KZCG 1871, s. 60; sygn. PUZKr 54, nlb.; sygn. Gm. Sw. 18, nlb.)(1855) Odciski pieczęci urzędowych Opatkowic z lat 1820, 1855, 1927 i 1948 (CPAHU we Lwowie, sygn. fond 20, opis 1, sprawa 266; Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. KZCG 1871, s. 60; sygn. PUZKr 54, nlb.; sygn. Gm. Sw. 18, nlb.)(1927) Odciski pieczęci urzędowych Opatkowic z lat 1820, 1855, 1927 i 1948 (CPAHU we Lwowie, sygn. fond 20, opis 1, sprawa 266; Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. KZCG 1871, s. 60; sygn. PUZKr 54, nlb.; sygn. Gm. Sw. 18, nlb.)(1948) Odciski pieczęci urzędowych Opatkowic z lat 1820, 1855, 1927 i 1948 (CPAHU we Lwowie, sygn. fond 20, opis 1, sprawa 266; Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. KZCG 1871, s. 60; sygn. PUZKr 54, nlb.; sygn. Gm. Sw. 18, nlb.)Dokument wydany w 1407 roku w Poznaniu, mocą którego król Władysław [ Jagiełło] pozwolił Przecławowi, dziedzicowi Opatkowic, przenieść swoją wieś z prawa polskiego na średzkie i wyjął jej mieszkańców spod jurysdykcji urzędników królewskich – oraz powiększenie zapisu nazwy wsi „Opatkowice” (Archiwum Opactwa Cystersów w Mogile, sygn. dypl. perg. 151)Z dokumentacji Biura Rozwoju Krakowa dotyczący wsi Opatkowice fragment sporządzonej w 1968 roku Inwentaryzacji bezpośredniej użytkowania terenu i budynków dla gromady Swoszowice (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. 29/1405/2331)