Dawna wieś po lewej stronie Wisły, obecnie w zachodniej części miasta Krakowa, około 10 km od jego centrum, sąsiadująca z leżącą do dziś poza granicą Krakowa Rząską, dalej z Bronowicami Małymi, Wolą Justowską i Chełmem (w tych trzech przypadkach od 1941 roku z Krakowem) oraz z Olszanicą.
W najstarszej znanej wzmiance, pochodzącej z 1226 roku, nazwa wsi odnotowana w brzmieniu de Midlnik. W innych dawnych zapiskach: Midlnyky (1470), Medlnyki (1533), Midlniki (1561). Nazwa wsi wywodzi się od wyrazu „mydlniki” oznaczającego ludzi trudniących się wyrobem mydła dla dworu.
Wieś należała do parafii pw. św. Szczepana w Krakowie, od 1951 roku do własnej parafii pw. Matki Bożej Nieustającej Pomocy w Mydlnikach. W godłach pieczętnych z okresu II Rzeczypospolitej równolegle przedstawienia kosiarza w polu oraz orła w kształcie nawiązującym do godła państwowego.
Nieznana z daty lokacja wsi wytyczyła jej centrum w rejonie dzisiejszych ulic Balickiej i Dolińskiego oraz ulic Hemara, Kurozwęckiego i Zakliki z Mydlnik. W Mydlnikach od 1326 roku rozpoczynała swój bieg Młynówka Królewska. W XIX wieku odnotowywano nazwy pól i rejonów wsi: Górka, Za Dworem, Za Rzeką, Za Parowcem (nazwa od pobliskiej linii kolejowej).
Historycznie wieś była własnością szlachecko-magnacką. Pierwotnie należała do dominikanów krakowskich, co najmniej od początku XV wieku w rękach szlacheckich – w tymże wieku stanowiła własność rodzin Kurozwęckich, Szafrańców i Dębnickich. Około 1600 roku Erazm Danigiel (Dangel) wybudował tu pałac dworski, który przetrwał do 1975 roku, na jego miejscu stoi obecnie kościół. Od przełomu wieków XVIII i XIX do I wojny światowej wieś i dwór w rękach rodziny Darowskich. W 1914 roku dwór należał do Gabrieli Dolegny, pozostałe zaś dobra Darowskich przeszły na skarb państwa – odkupiło je Studium Rolnicze Uniwersytetu Jagiellońskiego, obecnie Uniwersytet Rolniczy.
Przed rozbiorami gromada Mydlniki należała do powiatu krakowskiego, po roku 1795 znalazła się jako gmina w austriackim cyrkule krakowskim. Po epizodzie przynależności do Księstwa Warszawskiego, od 1815 roku w Rzeczypospolitej Krakowskiej jako gromada w gminie okręgowej Zwierzyniec, od 1838 roku w dystrykcie Liszki. W roku 1846 wieś powróciła jako gromada (od 1856 roku gmina) pod zabór austriacki. Od 1866 roku miała status gminy jednostkowej, należała do powiatu krakowskiego – stan ten przetrwał do II Rzeczypospolitej, do roku 1933. W 1934 roku wieś przemianowana została na gromadę i włączona w skład gminy zbiorczej Bronowice Wielkie. Przynależność ta uległa zmianie pod okupacją niemiecką – w 1941 roku Mydlniki znalazły się w gminie zbiorowej Zabierzów. W roku 1954 otrzymały status wsi (od 1958 roku stanowiącej sołectwo) w ramach wielowioskowej gromady Mydlniki (wieś Mydlniki stanowiła siedzibę gromady) – co obowiązywało do 1972 roku.
W roku 1973 wieś Mydlniki wyłączona została ze struktury ustrojowej powiatu krakowskiego i włączona do granic miasta Krakowa, do dzielnicy administracyjnej Krowodrza. Obecnie tereny tej dawnej wsi stanowią część dzielnicy samorządowej XVI Bronowice.
Ze Słownika geograficznego z lat 1880–1902:
Mydlniki, wieś, leży nad Rudawą, przy drodze powiatowej do Aleksandrowic. Rudawa rozdziela się w samej wsi na dwa ramiona, z których północne płynie przez Łobzów i jest przekopem wykonanym w roku 1533 przez rajców krakowskich w celu zapełnienia fos miejskich wodą. Wieś ma między ramionami rzeki grunta podmokłe, obrócone na łąki, zresztą glebę żytnią, urodzajną. Jest tu piękny dwór i szkoła ludowa. 323 mieszkańców rzymsko-katolickich.
Dokument wydany w 1533 roku w Krakowie, mocą którego król Zygmunt [Stary] rozstrzygnął spór między klasztorem zwierzynieckim i dziedzicem Woli Chełmskiej Jostem Ludwikiem Decjuszem z jednej strony a radą miasta Krakowa z drugiej strony o bieg i użyteczność rzeki Młynówki, oddzielającej się w Mydlnikach od Rudawy i płynącej między posiadłościami wspomnianych stron – oraz powiększenie zapisu nazwy wsi „Mydlniki” (Muzeum Narodowe w Krakowie, nr inw. MNK VIII-perg. 101)Dokument wydany w 1561 roku w Krakowie, w którym sędzia krakowski Rafał Jakubowski z Jakubowic i podsędek Jakub Rozen de Lenka zatwierdzili wypis z ksiąg ziemskich krakowskich stwierdzający, że w 1504 roku w Krakowie Stanisław z Kurozwęk, dziedzic wsi Mydlniki, pozwolił Mikołajowi z Chełmu i jego dziedzicom korzystać z doprowadzania wody dla młynów i sadzawek rybnych z rzeki Rudawki, czyli Niecieczy, płynącej między Chełmem a Mydlnikami – oraz powiększenie zapisu nazwy wsi „Mydlniki” (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. perg. 1141)(1865) Odciski pieczęci urzędowych Mydlnik z lat 1865, 1925 i 1947 (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. T.Schn. 1104, nlb.; sygn. PUZKr 53, nlb.; sygn. Gm. Zab. 9, s. 963)(1925) Odciski pieczęci urzędowych Mydlnik z lat 1865, 1925 i 1947 (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. T.Schn. 1104, nlb.; sygn. PUZKr 53, nlb.; sygn. Gm. Zab. 9, s. 963)(1925) Odciski pieczęci urzędowych Mydlnik z lat 1865, 1925 i 1947 (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. T.Schn. 1104, nlb.; sygn. PUZKr 53, nlb.; sygn. Gm. Zab. 9, s. 963)(1947) Odciski pieczęci urzędowych Mydlnik z lat 1865, 1925 i 1947 (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. T.Schn. 1104, nlb.; sygn. PUZKr 53, nlb.; sygn. Gm. Zab. 9, s. 963)