Dawna wieś po lewej stronie Wisły, obecnie we wschodniej części miasta Krakowa, około 10,5 km od jego centrum, przy starym trakcie na Ruś (dzisiejsza aleja Jana Pawła II), sąsiadująca z Bieńczycami, Krzesławicami, Luboczą, Pleszowem, przez Wisłę z Przewozem, jak też z Rybitwami, Łęgiem i Czyżynami (w przypadku trzech ostatnich od 1941 roku z Krakowem). Przysiółkami Mogiły były Kopaniec i Kępa Przewozu.
W najstarszej znanej wzmiance, pochodzącej z 1222 roku, nazwa wsi odnotowana w brzmieniu Mogila sive Tumba. W innych dawnych zapiskach: Clara Tumba Mogyla (1291), Mogyla (1470), de Mogila sem Clara Tumba (1616). Nazwa pochodzi od wyrazu „mogiła” (łac. clara tumba).
Wieś należała do parafii pw. św. Bartłomieja Apostoła w Mogile. W godle pieczętnym z połowy XIX wieku wieniec z plonem, w czasach II Rzeczypospolitej kopiec z orłem i dopiskiem „Kopiec Wandy”.
Mogiłę lokowano na prawie niemieckim w 1294 roku, za panowania czeskiego króla Wacława II. Wytyczono wówczas jej centrum w rejonie dzisiejszych ulic Bardosa, Powiatowej, Kępskiej i Kopaniec oraz dokonano niwowego rozłogu pól. W połowie XIX wieku odnotowywano nazwy pól i rejonów wsi: Plac Miejscowy, Groble, Stawy, Za Smetarzem, Wielka Łąka, Nad Łąkami, Ujastek.
Historycznie wieś była własnością duchowną. Na początku XIII wieku należała do Odrowążów, w 1222 roku biskup krakowski Iwo Odrowąż podarował ją cystersom z Kacic, którzy wznieśli tu klasztor z kościołem pw. św. Wacława. Z czasem Mogiła stała się centrum tak zwanego klucza mogilskiego, obejmującego rozliczne wiejskie własności cystersów. W 1469 roku powstała we wsi huta miedzi założona przez krakowskich rajców i burmistrzów Jana Turzona i Jana Teschnera, około 1500 roku zaś papiernia nad Dłubnią, która działała do XVII wieku. W ramach Twierdzy Kraków wzniesiono we wsi na przełomie wieków XIX i XX forty Mogiła i Wanda.
Przed trzecim rozbiorem gromada Mogiła należała do powiatu krakowskiego, po roku 1795 znalazła się jako gmina w austriackim cyrkule krakowskim. W 1815 roku wieś weszła w granice Rzeczypospolitej Krakowskiej jako gromada Mogiła w składzie gminy obwodowej Mogiła, od roku 1838 dystryktu Mogiła. W roku 1846 wieś powróciła jako gromada (od 1856 roku gmina) pod zabór austriacki. W latach 1866–1933 miała status gminy jednostkowej w ramach powiatu krakowskiego. Od roku 1934 dotychczasową gminę Mogiła przekształcono w gromadę Mogiła w ramach gminy zbiorczej Mogiła. W takiej pozycji ustrojowej wieś pozostawała w latach 1939–1945 w okupacyjnym departamencie i powiecie krakowskim Generalnego Gubernatorstwa.
W roku 1951 znajdująca się nadal w gminie Mogiła powiatu krakowskiego gromada Mogiła włączona została do granic Krakowa jako LIII dzielnica katastralna położona w nowo utworzonej dzielnicy administracyjnej Nowa Huta.
Obecnie tereny tej dawnej wsi stanowią część dzielnicy samorządowej XVIII Nowa Huta.
Ze Słownika geograficznego z lat 1880–1902:
Mogiła, po łac. Clara Tumba, wieś z opactwem cystersów i mogiłą Wandy, leży u ujścia Dłubni do Wisły, 209 m npm. Wzdłuż drogi od Krakowa mieszczą się obszerne zabudowania klasztorne, otoczone murem, obejmującym także ogrody warzywne, sady, budowle gospodarcze i młyny, dalej drewniany parafialny kościół, za nim zaś wzdłuż drogi drewniane chaty włościan z dużemi oknami, z wierzchu tynkowane i bielone a pokryte słomą. Obok chat znajdują się z chrustu grodzone stodoły i stajnie. Obejścia wiejskie są ogrodzone płotami wierzbowemi i zasłonięte gęsto sadzonemi drzewami. Wieś ma 1171 mieszkańców. Gleba z natury urodzajna. Za Długosza [cystersi mogilscy] posiadali dwadzieścia sześć wsi.
Pochodzące z dokumentu wystawionego w 1568 roku odciski pieczęci: pierwszy, w czerwonym wosku, odcisk pieczęci opata białobrzeskiego, z postacią biskupa, herbem Habdank i napisem: S[IGILLUM] MARTINI ABBAS CLARE TVMBE; drugi, w zielonym wosku, klasztoru mogilskiego, z postacią Matki Boskiej, herbem Odrowąż i napisem: SIGILL(UM) […]VEN[…] (Archiwum Opactwa Cystersów w Mogile, sygn. dypl. perg. 257)Pierwsza strona dokumentu Inwentarz wielkości Gruntów Kmiecych z Łąkami, Powinności y Danin Gromadzkich Wsi Mogiły, Wielebnemu Konwentowi Mogilskiemu należących – sporządzonego w 1787 roku (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. WMK IX-45, nlb.)Z Archiwum Wolnego Miasta Krakowa mapa wsi Mogiła wyrysowana w 1833 roku przez Karola Bełcikowskiego, geometrę rządowego Królestwa Polskiego i Rzeczypospolitej Krakowskiej; mapa powstała na zamówienie Komisji Włościańskiej Wolnego Miasta Krakowa w ramach prac przygotowujących uwłaszczenie chłopów – oraz powiększenie legendy (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. 29/200/25)(1847) Odciski pieczęci urzędowych Mogiły z lat 1847, 1859 i 1925 oraz odcisk pieczęci mogilskiego obszaru dworskiego z 1889 roku (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. WMK IX-45, nlb.; sygn. 29/456/167, nlb.; sygn. PUZKr 53, nlb.; sygn. K. Krak. op. 31, s. 1301)(1859) Odciski pieczęci urzędowych Mogiły z lat 1847, 1859 i 1925 oraz odcisk pieczęci mogilskiego obszaru dworskiego z 1889 roku (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. WMK IX-45, nlb.; sygn. 29/456/167, nlb.; sygn. PUZKr 53, nlb.; sygn. K. Krak. op. 31, s. 1301)(1925) Odciski pieczęci urzędowych Mogiły z lat 1847, 1859 i 1925 oraz odcisk pieczęci mogilskiego obszaru dworskiego z 1889 roku (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. WMK IX-45, nlb.; sygn. 29/456/167, nlb.; sygn. PUZKr 53, nlb.; sygn. K. Krak. op. 31, s. 1301)(1889) Odciski pieczęci urzędowych Mogiły z lat 1847, 1859 i 1925 oraz odcisk pieczęci mogilskiego obszaru dworskiego z 1889 roku (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. WMK IX-45, nlb.; sygn. 29/456/167, nlb.; sygn. PUZKr 53, nlb.; sygn. K. Krak. op. 31, s. 1301)Dokument wydany w 1222 roku w katedrze krakowskiej, w którym biskup krakowski Iwo stwierdził, że Wisław (brat biskupa) nadał klasztorowi w Prandocinie wsie Prandocin, Kacice, Sędowice i Januszowice; w zamian za to biskup, przyjmując na siebie ciężar fundacji nowego klasztoru, oddał jego synowi Dobiesławowi Końskie z szcześcioma wsiami, jednocześnie uposażając klasztor dziesięcinami i oddając temu klasztorowi wieś Mogiłę z przyległościami; przy dokumencie pieczęć biskupa Iwona – oraz powiększenie zapisu nazwy wsi „Mogiła” (Archiwum Opactwa Cystersów w Mogile, sygn. dypl. perg. 2)Dokument wydany w 1231 roku, w którym Saul i Sąd, synowie komesa Dobiesława, Dobiesław, syn Wisława, dziedzice Prandocina wraz z licznymi krewniakami imieniem własnym i spadkobierców zrzekli się prawa do wsi Mogiły, Prandocina i Mikułowic, nadanych przez Wisława i Iwona klasztorowi w Mogile, a sam klasztor wzięli w opiekę – oraz powiększenie zapisu nazwy wsi „Mogiła” (Archiwum Opactwa Cystersów w Mogile, sygn. dypl. perg. 12)Dokument wydany w 1353 roku w Krakowie, w którym król Kazimierz [Wielki] mandatem do urzędników uwalnia kmieci i mieszkańców Mogiły od robót dla dworu królewskiego – oraz powiększenie zapisu nazwy wsi „Mogiła” (Archiwum Opactwa Cystersów w Mogile, sygn. dypl. perg. 86)Pochodząca z dokumentu wydanego w 1391 roku odciśnięta w zielonym wosku pieczęć klasztoru mogilskiego wyobrażająca Najświętszą Pannę z Dzieciątkiem Jezus pod baldachimem; po lewej stronie tej postaci ręka trzymająca pastorał, w otoku napis: S[IGILLUM] CONVENTUS CLARE TUMBE (Archiwum Opactwa Cystersów w Mogile, sygn. dypl. perg. 134)