Dawna wieś po lewej stronie Wisły, obecnie w północno-wschodniej części miasta Krakowa, około 8 km od jego centrum, nad rzeką Dłubnią, sąsiadująca z leżącymi do dziś w swojej zasadniczej części poza granicą Krakowa Batowicami, dalej z Zesławicami, Bieńczycami i Prądnikiem Czerwonym (od 1941 roku z Krakowem).
W najstarszej znanej wzmiance, pochodzącej z 1270 roku, nazwa wsi odnotowana w brzmieniu Mistrevich. W innych dawnych zapiskach: Mistrzovicze (1371), Mistrzowicze (1398), Mystrowycze (1458), Mystrowicze (1529), Mistrzowice, Myszceowice (1854). Nazwa wsi wywodzi się od nazwy osobowej „Mistrz” (pochodzącej od słowa „mistrz” – nauczyciel).
Wieś należała do parafii pw. św. Małgorzaty Dziewicy i Męczennicy w Raciborowicach. W godle umieszczonym na pieczęci z połowy XIX wieku snopek i narzędzia pracy: kosa, cep oraz radło.
Mistrzejowice przeniesione zostały z prawa polskiego na magdeburskie w 1464 roku przez króla Kazimierza Jagiellończyka na wniosek kapituły katedralnej; lokacji tej dokonano aktem obejmującym 30 wsi kapitulnych. Wytyczono wówczas centrum wsi nad rzeką Dłubnią oraz przyjęto zabudowę o charakterze zwartym typu rynkowego.
Historycznie wieś była własnością duchowną. Od XV do XVIII wieku należała do krakowskiej kapituły katedralnej. W 1458 roku dokonano rozgraniczenia wsi Zesławice, należącej do klasztoru w Mogile, i wsi Mistrzejowice, stanowiącej uposażenie Kaspra Rokenberka jako scholastyka krakowskiego. Przypisanie Mistrzejowic do uposażenia scholastyka nadzorującego w ramach kapituły szkoły w diecezji było trwałe – Mistrzejowice stanowiły zatem scholarnię. Własność kapitulna wsi ustała pod koniec XVIII wieku. Posiadłość dworską objęła rodzina Ostrzeszowiczów.
Przed trzecim rozbiorem gromada Mistrzejowice należała do powiatu krakowskiego, po roku 1795 znalazła się jako gmina w austriackim cyrkule krakowskim. W okresie przynależności do Księstwa Warszawskiego, w latach 1809–1815, Mistrzejowice stanowiły gminę w ramach powiatu krakowskiego wchodzącego w skład departamentu krakowskiego. W 1815 roku wieś weszła w granice Wolnego Miasta Krakowa – Rzeczypospolitej Krakowskiej jako gromada Mistrzejowice w składzie gminy obwodowej Mogiła, od roku 1838 dystryktu Mogiła. W roku 1846 wieś powróciła jako gromada (od 1856 roku gmina) pod zabór austriacki. Od 1866 roku wieś miała status gminy jednostkowej w ramach powiatu krakowskiego, zarówno w okresie autonomii galicyjskiej, jak i II Rzeczypospolitej – do roku 1933. Od 1934 roku, kiedy zaczęła obowiązywać tak zwana ustawa scaleniowa, Mistrzejowice utraciły status odrębnej gminy i weszły w skład wielowioskowej gminy zbiorczej Mogiła. W takiej pozycji ustrojowej wieś pozostawała w latach 1939–1945 w okupacyjnym departamencie i powiecie krakowskim Generalnego Gubernatorstwa.
W roku 1951 znajdujące się nadal w gminie Mogiła powiatu krakowskiego Mistrzejowice włączone zostały do granic Krakowa jako LV dzielnica katastralna położona w nowo utworzonej dzielnicy administracyjnej Nowa Huta.
Obecnie tereny tej dawnej wsi stanowią część dzielnicy samorządowej XV Mistrzejowice.
Ze Słownika geograficznego z lat 1880–1902:
Mistrzowice alias Mistrzejowice, wieś, powiat krakowski, należąca do parafii rzymsko- -katolickiej w Raciborowicach. Leży w równinie na prawym brzegu Dłubnicy, w glebie glinkowej i ma 154 mieszkańców rzymsko-katolickich. Za Długosza należały Mistrzejowice do kapituły krakowskiej, a mianowicie stanowiły uposażenie scholastyka. Kazimierz Jagiellończyk przeniósł je 1440 roku z prawa polskiego na magdeburskie; miały wówczas 7 łanów kmiecych.
(1854) Odciski pieczęci urzędowych Mistrzejowic z lat 1854 i 1861 oraz odcisk w wosku luźnej pieczęci krakowskiej kapituły katedralnej, wielowiekowego właściciela Bieżanowa; w polu pieczętnym z prawej strony postać św. Stanisława, pastorałem, z lewej strony postać św. Wacława z włócznią, u dołu trzy nisze z klęczącymi postaciami, nad świętymi wyryte imiona: S[ANCTUS] STANISLAUS S[ANCTUS] VENCZESLAUS, w otoku napis: S[IGILLUM] MINUS CAPITULI CRACOVIENSIS (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. WMK XIV-80, s. 927, 1615; sygn. 29/1597/77)(1861) Odciski pieczęci urzędowych Mistrzejowic z lat 1854 i 1861 oraz odcisk w wosku luźnej pieczęci krakowskiej kapituły katedralnej, wielowiekowego właściciela Bieżanowa; w polu pieczętnym z prawej strony postać św. Stanisława, pastorałem, z lewej strony postać św. Wacława z włócznią, u dołu trzy nisze z klęczącymi postaciami, nad świętymi wyryte imiona: S[ANCTUS] STANISLAUS S[ANCTUS] VENCZESLAUS, w otoku napis: S[IGILLUM] MINUS CAPITULI CRACOVIENSIS (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. WMK XIV-80, s. 927, 1615; sygn. 29/1597/77)(nd) Odciski pieczęci urzędowych Mistrzejowic z lat 1854 i 1861 oraz odcisk w wosku luźnej pieczęci krakowskiej kapituły katedralnej, wielowiekowego właściciela Bieżanowa; w polu pieczętnym z prawej strony postać św. Stanisława, pastorałem, z lewej strony postać św. Wacława z włócznią, u dołu trzy nisze z klęczącymi postaciami, nad świętymi wyryte imiona: S[ANCTUS] STANISLAUS S[ANCTUS] VENCZESLAUS, w otoku napis: S[IGILLUM] MINUS CAPITULI CRACOVIENSIS (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. WMK XIV-80, s. 927, 1615; sygn. 29/1597/77)Dokument wydany w 1458 roku w Krakowie, w którym Jakub z Węchadłowa, komornik delegowany przez Krzesława, podkomorzego krakowskiego, rozgraniczył wsie Zesławice, należące do klasztoru w Mogile, i Mistrzejowice, stanowiące uposażenie Kaspra Rokenberka, scholastyka krakowskiego – oraz powiększenie zapisu nazwy wsi „Mistrzejowice” (Archiwum Opactwa Cystersów w Mogile, sygn. dypl. perg. 203)