Dawna wieś po lewej stronie Wisły, obecnie we wschodniej części miasta Krakowa, około 18 km od jego centrum, nad Potokiem Kościelnickim, sąsiadująca z Węgrzynowicami, Wróżenicami, leżącymi do dziś poza granicą Krakowa Tropiszowem i Pobiednikiem Wielkim (w latach 1815–1918 była tu granica najpierw Rzeczypospolitej Krakowskiej, następnie między austriacką Galicją a Królestwem Polskim – kongresowym), dalej z Wolicą, Przylaskiem Wyciąskim i Wyciążem oraz z Ruszczą (od 1951 roku z Krakowem). Przy Kościelnikach ukształtowały się przysiółki i osady: Cło, Górka Kościelnicka, Stanisławowice (Stanisławice), Zagrody.
W najstarszej znanej wzmiance, pochodzącej z 1369 roku, nazwa wsi odnotowana w brzmieniu Cosczelnyky. W innych dawnych zapiskach: Kosczelniki (1381), Cosczelec (1384), Kosczelecz (1404), Quoscelniki (1426), Kosczelnyky (1470). Nazwa wsi pochodząca od wyrazu „kościelniki” oznaczajacego ludzi pełniących służbę w kościele lub dla kościoła.
Wieś należała do parafii pw. Wszystkich Świętych w Górce Kościelnickiej. W godle pieczętnym z XIX wieku i okresu II Rzeczypospolitej przedstawienie Matki Boskiej z Dzieciątkiem.
Kościelniki lokowane były na prawie niemieckim przed rokiem 1420, za panowania króla Władysława Jagiełły. Wytyczono wówczas centrum osady w rejonie dzisiejszych ulic Pysocice i Dybowskiego, tam też powstał folwark, a później w jego miejsce pałac. W XIX wieku odnotowywano nazwy pól i rejonów wsi: Miejscowa, Ploszyny (Plosciny), Mszalno, Palonek, Duża Górka, Wołownik, Pysonce, Lelito, Swinno.
Historycznie wieś była własnością szlachecko-magnacką. W 1384 roku stanowiła własność Stanisława Strasza z Białczewa, w latach 1470–1480 Mikołaja Strasza, od roku 1489 Krzesława z Kurozwęk. W XVII wieku należała do Lubomirskich, w pierwszej połowie XVIII wieku do Morsztynów, w latach 1773–1945 znajdowała się w rękach Wodzickich.
Przed rozbiorami gromada Kościelniki należała do powiatu proszowickiego, po roku 1795 znalazła się jako gmina w austriackim cyrkule krakowskim. Po epizodzie przynależności do Księstwa Warszawskiego, od 1815 roku w Rzeczypospolitej Krakowskiej jako gromada w gminie okręgowej Kościelniki, od 1838 roku w dystrykcie Mogiła. W roku 1846 wieś powróciła jako gromada (od 1856 roku gmina) pod zabór austriacki. Od 1866 roku miała status gminy jednostkowej, należała do powiatu krakowskiego – stan ten przetrwał do czasów II Rzeczypospolitej, do roku 1933. W 1934 roku wieś przemianowana została na gromadę i włączona w skład gminy zbiorczej Ruszcza. Nie uległo to zmianie (także w okresie okupacji niemieckiej) do roku 1954, kiedy to Kościelniki objęto wielowioskową gromadą Wyciąże, nadając im status wsi (od 1958 roku stanowiącej sołectwo), w powiecie proszowickim, od 1956 roku ponownie w krakowskim – co obowiązywało do 1972 roku.
W roku 1973 wieś Kościelniki wyłączona została ze struktury ustrojowej powiatu krakowskiego i włączona do granic miasta Krakowa, do dzielnicy administracyjnej Nowa Huta.
Obecnie tereny tej dawnej wsi stanowią część dzielnicy samorządowej XVIII Nowa Huta.
Ze Słownika geograficznego z lat 1880–1902:
Kościelniki, wieś, w pasie granicznym Galicyi z Królestwem Polskiem, nad potokiem Kościelnickim. Obejmuje 3 znaczne przysiołki: 1) na północy Górkę Kościelnicką, 2) na zachodzie Stanisławice, 3) na południu Cło. W północnej stronie wznosi się góra Wróżenice (248 m.). W roku 1869 było domów w Cle 10, w Górce Kościelnickiej 18, w Kościelnikach 33, w Stanisławicach 76, razem 131, a mieszkańców w Cle 58, w Górce Kościelnickiej 140, w Kościelnikach 216, w Stanisławicach 465, razem 879. Szkoła 1-klasowa o 1 nauczycielu.
Dokument wydany w 1369 roku w Krakowie, w którym król Kazimierz [Wielki] poświadczył, że szlachetny Goworek, dziedzic Kościelnik, z synem swoim Janem zabezpieczył urodzonej Elżbiecie, żonie tegoż Jana, 600 grzywien wiana na dobrach swoich Rzędowice i Kościelniki – oraz powiększenie zapisu nazwy wsi „Kościelniki”; przy dokumencie pieczęć majestatyczna króla (Biblioteka Książąt Czartoryskich w Krakowie, sygn. perg. 161)(1858) Odciski pieczęci urzędowych Kościelnik z lat 1858, 1924 i 1947 (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. T.Schn. 782, s. 287; sygn. PUZKr 50, nlb.; Gm. Ru. 44, s. 203)(1924) Odciski pieczęci urzędowych Kościelnik z lat 1858, 1924 i 1947 (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. T.Schn. 782, s. 287; sygn. PUZKr 50, nlb.; Gm. Ru. 44, s. 203)(1947) Odciski pieczęci urzędowych Kościelnik z lat 1858, 1924 i 1947 (Archiwum Narodowe w Krakowie, sygn. T.Schn. 782, s. 287; sygn. PUZKr 50, nlb.; Gm. Ru. 44, s. 203)