Był to krótki, zaledwie trzyipółroczny okres, brzemienny w skutki. 1 września 1939 r. wybuchła druga wojna światowa, a klęska obronnej kampanii wrześniowej oddała kraj pod niemiecką okupację. Kraków stał się stolicą utworzonej 12 października 1939 r. z części terytoriów polskich niewcielonych do III Rzeszy jednostki administracyjno-terytorialnej pod nazwą Generalne Gubernatorstwo dla Okupowanych Obszarów Polskich (Generalgouvernement, w skrócie GG). Z władz miejskich pozostawiono Zarząd Miejski, ale już pod kierownictwem niemieckim, z kolejnymi starostami miejskimi pełniącymi rolę prezydenta miasta. Samo miasto i substancję urbanistyczną potraktowano jako dziedzictwo ze starogermańskim rodowodem, stąd polityka inwestowania w jego rozwój – jednym z efektów tego była decyzja o ponad trzykrotnym powiększeniu obszaru miasta, zrealizowana w połowie 1941 r.
