Kraków pozostawał nadal w Księstwie Warszawskim. Jego obszar poszerzony został z początkiem 1811 r. o Podgórze, którego samodzielność miejską zniesiono w roku 1810. Daleko było jednak do stabilizacji sytuacji politycznej i ustrojowej miasta. 1 lipca 1812 r. ogłoszono w Krakowie manifest Napoleona o wojnie z Rosją, nadeszły wiadomości o zawiązaniu w Warszawie konfederacji generalnej i ogłoszeniu powstania Królestwa Polskiego. Niebawem, po odwrocie armii napoleońskiej spod Moskwy i klęsce pod Berezyną, w styczniu 1813 r. do Księstwa wkroczyły wojska cara Aleksandra I. Do Krakowa ewakuowały się Rada Ministrów i Rada Generalna Konfederacji Królestwa Polskiego. W kwietniu 1813 r. Kraków opuściły wojska saskie i polskie, na koniec sprzymierzone austriackie, a w maju tegoż roku wkroczyły do niego wojska carskie. Nastąpił okres dwuletniej okupacji rosyjskiej – dotychczasowe władze miejskie i departamentowe działały nadal, jednak pod nadzorem przydanych im komisarzy okupacyjnych.
Na europejskiej arenie po abdykacji Napoleona i zawarciu z końcem maja 1814 r. w Paryżu pokoju z Francją zwołano we wrześniu tegoż roku do Wiednia kongres pokojowy z udziałem przedstawicieli 16 państw. Miał on zadecydować o przyszłym kształcie politycznym Europy i miejscu w niej ziem polskich. W interesującym nas krakowskim wymiarze efektem kompromisu między Austrią, Francją i Rosją stało się powołanie do życia Wolnego, Niepodległego i Ściśle Neutralnego Miasta Krakowa i Jego Okręgu – quasi-państewka pozostającego „pod opieką” trzech mocarstw. Status tego nowego organizmu polityczno-ustrojowego, znanego też pod nazwą „Rzeczypospolita Krakowska”, określony został w traktacie dodatkowym (do aktów kongresu wiedeńskiego) zawartym przez trzy mocarstwa w Wiedniu 3 maja 1815 r. Przynależność Krakowa do Księstwa Warszawskiego, jak i samo Księstwo przeszły do historii, otwarta zaś została nowa karta dziejowa miasta.
