Po upadku powstania kościuszkowskiego nastąpił okres dwuletniej okupacji Krakowa przez wojska pruskie. W roku 1795 w wyniku trzeciego rozbioru Rzeczpospolita zniknęła z mapy Europy, a Kraków z rokiem 1796 włączony został do cesarstwa austriackiego. Miasto znalazło się w granicach nowo utworzonej prowincji pod nazwą „Galicja Zachodnia” (tzw. Nowa Galicja, podzielona na 12 cyrkułów, w tym krakowski). Od 1801 r. Kraków był już formalnie stolicą Galicji Zachodniej i siedzibą jej gubernatora. Wkrótce jednak, bo już w roku 1803, połączono Galicję Zachodnią z Galicją Wschodnią w ramach kraju prowincjonalnego cesarstwa pod nazwą „Królestwo Galicji i Lodomerii” (w skrócie Galicja, dzieląca się na 24 cyrkuły, w tym krakowski, nadzorujący miasto Kraków i jego Magistrat), ze stolicą we Lwowie.
W Europie zmagały się mocarstwa, toczone jedna za drugą wojny pociągały ustawiczne zmiany na mapie politycznej. Sukcesy armii napoleońskiej doprowadziły do utworzenia na mocy traktatów pokojowych zawartych w 1807 r. w Tylży przez Cesarstwo Francuskie, Imperium Carskie i Królestwo Prus nowego organizmu państwowego – Księstwa Warszawskiego, namiastki państwa polskiego. Rozpoczęta wiosną 1809 r. nowa wojna Napoleona z Austrią początkowo zagroziła bytowi Księstwa, jednak w wyniku kontrofensywy wojsk polskich i zwycięstwa Napoleona pod Wagram doprowadziła do wyparcia Austriaków z Galicji. 15 lipca 1809 r. do Krakowa wjechał na czele wojsk polskich książę Józef Poniatowski, wyzwalając i obejmując miasto w imieniu cesarza Francji. Mocą zawartego 15 października tegoż roku w Schönbrunn koło Wiednia traktatu pokojowego obszar trzeciego i skrawek pierwszego zaboru austriackiego, zatem i Kraków, znalazły się w granicach Księstwa Warszawskiego. Formalne przyłączenie do niego Krakowa nastąpiło 14 stycznia 1810 r., kiedy to władze miejskie złożyły na ręce specjalnych komisarzy przysięgę wierności Fryderykowi Augustowi I, królowi saskiemu i jednocześnie księciu warszawskiemu. Miasto uzyskało nową tytulaturę: „Wolne Handlowe Miasto Kraków”, stając się jednocześnie głównym miastem Departamentu Krakowskiego, jednego z 10 departamentów Księstwa. Stan ten przetrwał do roku 1815.
