Ziemianin, z rodziny wywodzącej się z Michałowa na Mazowszu, herbu Jasieńczyk. Dziedzic Łuczyc i Krzysztoforzyc koło Krakowa, urodzony w 1767 roku, syn Feliksa i Marianny z Rudkowskich. Służył w armii austriackiej, z której wystąpił po wybuchu insurekcji kościuszkowskiej. Po latach pobytu w zaborze rosyjskim i powrocie do Krakowa z chwilą utworzenia Rzeczypospolitej Krakowskiej został 2 listopada 1815 roku z nominacji Komisji Organizacyjnej senatorem dożywotnim – członkiem pierwszego składu Senatu Rządzącego Wolnego Miasta Krakowa. Reprezentował stronnictwo szlacheckie, stojące w opozycji do senatorów mieszczańskich, wspierał politykę prezesa Senatu Stanisława Wodzickiego (nr 647). Aktywność wykazał w pierwszym okresie pełnienia senatorskiego urzędu, gdy był członkiem komisji przygotowującej statut Zgromadzenia Reprezentantów. Odnotowano, że na fotelu senatorskim „nic nie pracując przesiedział, bo do pracy nigdy nie był nawykłym”. Zaangażował się w obronę Stanisława Wodzickiego u schyłku sprawowania przez niego prezesury w Senacie. Po odejściu Wodzickiego długo nie obsadzano tego stanowiska. Józef Michałowski na zmianę z pozostałymi senatorami pełnił wówczas obowiązki prezesa Senatu – jako senator prezydujący kierował miastem dwukrotnie, na przełomie stycznia i lutego 1831 roku oraz w grudniu roku 1832. W okresie powstania listopadowego współpracował z Ludwikiem Morsztynem, przedstawicielem w Krakowie powstańczego, warszawskiego Rządu Narodowego, prywatnie swoim szwagrem; był zwolennikiem przyłączenia Krakowa do Królestwa Polskiego, koncepcji forsowanej przez Stanisława Kostkę Zarzeckiego (nr 646). Ożenił się z Teklą z Morsztynów, miał dwie córki i trzech synów, wśród nich Piotra, malarza doby romantyzmu, w latach 1848–1853 prezesa Rady Administracyjnej Krakowa. Zmarł 9 kwietnia 1837 roku, pochowano go na cmentarzu Rakowickim.
