Wieś królewska-wielkorządowa położona na prawym brzegu Wisły, naprzeciwko Wawelu, sięgająca po dzisiejsze ulice Zielną, Monte Cassino i Barską, z centrum zabudowy w rejonie dzisiejszej ulicy Zagrody. Dwa łany tej wsi, wzmiankowanej już w 1254 roku, uprzednio książęce, należały do klasztoru Benedyktynek w Staniątkach. W 1371 roku Elżbieta Węgierska nadała położony tam na brzegu Wisły folwark Rybaki kościołowi św. Michała na Skałce, w końcu XIV wieku włączono do Dębnik Zawadę położoną w rejonie Skałek Twardowskiego. Od drugiej połowy XV wieku Dębniki stały się własnością królewską podległą wielkorządcy krakowskiemu. Działały tam dwie cegielnie (właścicielem jednej z nich był architekt Bartolomeo Berrecci, od jego syna Sebastiana cegielnię tę zakupił w 1550 roku Jan Boner, wielkorządca krakowski, rajca i burmistrz Krakowa) i kamieniołom – pracowały na rzecz zamku królewskiego. Od XVII wieku w Dębnikach zaczęły powstawać podmiejskie dworki duchownych i dworskich dostojników. W dobie konfederacji barskiej w 1771 roku Kazimierz Pułaski wzniósł tam stałą redutę, z której zajęto zamek królewski. Po przejściu Krakowa pod panowanie austriackie wiślany brzeg Dąbia został zasiedlony przez byłych mieszkańców jurydyki Podzamcze – powstała wówczas osada Rybaki. Dębniki i Rybaki posiadały w XIX wieku odrębne struktury samorządowe, wójtowie dębniccy są odnotowywani od początkowych lat tegoż wieku, rybaccy od schyłku I Rzeczypospolitej. W roku 1900 Dębniki wraz z Rybakami zamieszkiwało ponad dwa tysiące siedemset osób, dwa lata później odnotowano tam sto trzydzieści sześć domów mieszkalnych, trzynaście budynków gospodarczych i sześć zakładów przemysłowych. W 1867 roku powstała w Dębnikach samorządowa gmina wiejska z radą gminną i zwierzchnością gminną pod kierunkiem naczelnika. Dębniki z przysiółkiem Rybaki i obszarem dworskim zostały pod wspólną nazwą Dębniki włączone do Wielkiego Krakowa w 1910 roku, administracyjnie stanowiąc część obwodu IV, katastralnie dzielnicę XI miasta.
